ASE根据POSCAR中某一特定的原子的分布情况,利用fingerprint计算两个POSCAR结构的结构相似性,要求具体代码
时间: 2024-03-04 12:49:34 浏览: 179
Python库 | ase-3.16.0.tar.gz
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下面是一个基于Python的ASE程序,用于计算两个POSCAR结构的结构相似性。具体来说,它将计算两个结构的指纹,并使用余弦相似性度量它们之间的相似性。
```python
from ase import Atoms
from ase.io import read
from ase.build import make_supercell
from ase.calculators.fingerprint import FingerprintCalculator
from numpy import dot
from numpy.linalg import norm
# 读取两个POSCAR文件
structure1 = read('POSCAR1')
structure2 = read('POSCAR2')
# 指定原子类型和位置
atom_type = 'O'
positions = structure1.positions[structure1.get_chemical_symbols() == atom_type]
# 构建超胞
supercell = make_supercell(structure1, [[2, 0, 0], [0, 2, 0], [0, 0, 2]])
# 计算指纹
calc = FingerprintCalculator(supercell, atom_type)
fp1 = calc.get_fingerprint(supercell, positions)
calc = FingerprintCalculator(structure2, atom_type)
fp2 = calc.get_fingerprint(structure2, positions)
# 计算余弦相似性
similarity = dot(fp1, fp2) / (norm(fp1) * norm(fp2))
print('Similarity:', similarity)
```
在这个程序中,我们首先读取了两个POSCAR文件,然后指定了原子类型和位置。接下来,我们使用ASE的构建工具`make_supercell`来构建一个超胞,并使用`FingerprintCalculator`计算指纹。最后,我们使用余弦相似性来度量两个结构之间的相似性。请注意,这个程序仅仅是一个示例,你需要根据你的具体需要进行修改。
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