利用ASE将POSCAR中所有C原子的坐标提取出来,并绘制在三维空间中并输出C原子分布结构,使用ASE中的view方法去观察C原子的分布情况
时间: 2024-03-08 10:48:46 浏览: 52
AE读取坐标
好的,下面是完整的代码,可以实现您的需求:
```python
from ase.io import read
import matplotlib.pyplot as plt
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from ase.visualize import view
# 读取POSCAR文件
structure = read('POSCAR')
# 获取所有C原子的坐标
coords = [atom.position for atom in structure if atom.symbol == 'C']
# 绘制C原子的分布情况
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111, projection='3d')
ax.scatter([coord[0] for coord in coords], [coord[1] for coord in coords], [coord[2] for coord in coords], c='r', marker='o')
ax.set_xlabel('x')
ax.set_ylabel('y')
ax.set_zlabel('z')
plt.show()
# 使用ASE的view方法观察C原子的分布情况
view(structure)
```
这段代码将提取POSCAR文件中所有C原子的坐标,并绘制在三维空间中,同时也会输出C原子分布结构。最后,使用ASE中的view方法可以观察C原子的分布情况。
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