python利用ASE获得POSCAR或者cif结构文件中C原子位置坐标,并判断x坐标相同的原子个数,y坐标相同的原子个数,z坐标相同的原子个数
时间: 2024-03-03 08:50:55 浏览: 276
ASE15.0.x参考手册:存储过程
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可以使用ASE库中的Atoms对象来获取POSCAR或cif文件中的原子坐标,并使用numpy库来进行坐标的计算和判断。
以下是一个示例代码,可以实现获取POSCAR或cif文件中C原子位置坐标,并统计x坐标、y坐标、z坐标相同的原子个数:
```python
import numpy as np
from ase.io import read
# 读取POSCAR或cif文件
atoms = read('POSCAR')
# 获取C原子坐标
C_coords = atoms.get_positions()[atoms.get_chemical_symbols() == 'C']
# 计算x坐标相同的原子个数
x_counts = np.unique(C_coords[:, 0], axis=0, return_counts=True)[1]
# 计算y坐标相同的原子个数
y_counts = np.unique(C_coords[:, 1], axis=0, return_counts=True)[1]
# 计算z坐标相同的原子个数
z_counts = np.unique(C_coords[:, 2], axis=0, return_counts=True)[1]
print('x坐标相同的原子个数:', x_counts)
print('y坐标相同的原子个数:', y_counts)
print('z坐标相同的原子个数:', z_counts)
```
其中,`atoms.get_positions()`可以获取所有原子的坐标,返回一个二维的numpy数组;`atoms.get_chemical_symbols()`可以获取所有原子的化学元素符号,返回一个一维的numpy数组;`.get_positions()[atoms.get_chemical_symbols() == 'C']`可以获取所有化学符号为C的原子坐标,返回一个二维的numpy数组。统计x坐标相同的原子个数可以使用numpy库中的`np.unique()`函数,该函数可以返回数组中唯一值的列表和它们的出现次数。
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