python利用ASE写代码:要求1:读取POSCAR中C原子的坐标和原子数目,定义特征向量长度,将每个原子的坐标添加到特征向量中,定义一个feature函数;要求2.计算特征向量之间的距离矩阵
时间: 2024-03-17 19:47:49 浏览: 203
好的,我可以帮你解答这个问题。这里提供一个利用ASE模块,读取POSCAR文件,提取C原子坐标,并计算特征向量之间距离矩阵的代码:
```python
from ase.io import read
import numpy as np
def feature(poscar_file):
# 读取POSCAR文件
atoms = read(poscar_file)
coords = atoms.get_positions()
symbols = atoms.get_chemical_symbols()
# 提取C原子坐标
C_coords = []
for i in range(len(symbols)):
if symbols[i] == 'C':
C_coords.append(coords[i])
# 定义特征向量长度为3
feature_length = 3
# 将每个原子的坐标添加到特征向量中
feature_vecs = []
for coord in C_coords:
feature_vec = np.zeros(feature_length)
feature_vec[:3] = coord
feature_vecs.append(feature_vec)
return feature_vecs
def distance_matrix(feature_vecs):
# 计算特征向量之间的距离矩阵
n_vecs = len(feature_vecs)
dist_matrix = np.zeros((n_vecs, n_vecs))
for i in range(n_vecs):
for j in range(i+1, n_vecs):
dist = np.linalg.norm(feature_vecs[i]-feature_vecs[j])
dist_matrix[i][j] = dist
dist_matrix[j][i] = dist
return dist_matrix
```
你可以将上述代码保存到一个Python文件中,并在代码中调用feature和distance_matrix函数,传入你的POSCAR文件路径,即可得到特征向量和距离矩阵。
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