针对C原子的分布情况,利用ADF函数将POSCAR结构文件转化为特征向量,python具体代码,输入文件和输出文件都要有
时间: 2024-03-17 20:41:11 浏览: 68
好的,下面是一个示例代码,它将从一个POSCAR文件中读取结构并计算C原子的ADF函数,并将其作为特征向量写入到一个CSV文件中。你需要用你的POSCAR文件路径替换代码中的 "POSCAR" 和 "features.csv"。
```
import numpy as np
import csv
from ase import io
from ase.build import bulk
from ase.neighborlist import NeighborList
# 从POSCAR文件中读取结构
atoms = io.read("POSCAR")
# 创建一个单原子晶体结构
c = bulk('C')
# 将单原子晶体结构和读取的Atoms对象合并
atoms = c + atoms
# 创建一个NeighborList对象
cutoff = 6.0
nl = NeighborList([cutoff / 2] * len(atoms), self_interaction=False, bothways=True)
nl.update(atoms)
# 计算ADF函数
adf = atoms.get_atomic_distribution_function(rmin=0, rmax=cutoff, nbins=100)
# 将ADF函数作为特征向量
feature_vector = adf
# 将特征向量写入CSV文件
with open('features.csv', 'w', newline='') as csvfile:
writer = csv.writer(csvfile)
writer.writerow(feature_vector)
```
这个代码将计算一个长度为100的特征向量,表示C原子在你的结构中的分布情况。特征向量将被保存在 "features.csv" 文件中。
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