cds <- cluster_cells(cds)
时间: 2024-04-20 14:24:06 浏览: 21
这个错误通常出现在使用 `cluster_cells` 函数时,指定的 `subscript` 包含无效的名称。这可能是因为您在调用 `cluster_cells` 函数时使用了一个无效的参数。
请确保您传递给 `cluster_cells` 函数的参数是有效的,并且与您的数据集相匹配。检查您使用的参数和变量名是否正确,并且确保它们在数据集中存在。
如果问题仍然存在,请提供更多关于您的代码和数据的详细信息,以便我能够更好地帮助您解决问题。
相关问题
cds <- align_cds(cds, alignment_group = "batch")
这段代码使用了 `align_cds` 函数对 `cds` 数据集进行对齐操作,并指定了对齐的分组为 "batch"。
对于出现 "subscript contains invalid names" 的错误,可能是因为您的 `cds` 数据集中包含了无效的变量或列名。请确保您的数据集中的变量名或列名是有效的,并且没有特殊字符、空格或其他非法字符。
另外,也请确保您已经正确加载了相应的包,并且函数 `align_cds` 是从正确的包中调用的。
如果问题仍然存在,请提供更多关于您的代码和数据的详细信息,以便我能够更好地帮助您解决问题。
cds <- subset(gff, V3 == "CDS") Error in eval(e, x, parent.frame()) : object 'V3' not found
这个错误信息意味着R语言在执行subset函数的时候找不到变量V3。这可能是因为gff数据框中没有名为V3的列。
请检查一下gff数据框中的列名是否正确,或者尝试使用其他列名来替换V3。如果您不确定gff数据框中是否有V3列,可以使用colnames函数来查看列名。例如,输入colnames(gff)可以打印出gff数据框的所有列名。
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