基因注释软件 Bakta 的使用参数

Bakta 是一种用于基因注释的软件，它可以对基因组序列进行预测和注释。以下是 Bakta 常用的参数及其说明：

1. `-i`：输入文件名，可以是 FASTA 或 GFF 格式的文件；
2. `-o`：输出文件名，可以是 GFF 或 BED 格式的文件；
3. `-m`：选择模式，可以是 `auto`（自动判断）或 `prokaryotic`（原核生物）或 `eukaryotic`（真核生物）；
4. `-s`：选择参考基因组序列文件；
5. `-t`：选择参考基因组注释文件；
6. `-p`：选择并行处理的线程数；
7. `-c`：选择质量控制的阈值；
8. `-f`：选择注释结果输出的格式。

这些参数可以通过在命令行中添加相应的参数选项来使用。例如，以下是一个使用 Bakta 进行基因注释的示例命令：

bakta -i input.fasta -o output.gff -m auto -s reference_genome.fasta -t reference_annotation.gff -p 4 -c 30 -f gff

这个命令将输入文件 `input.fasta` 进行基因注释，并将注释结果输出到文件 `output.gff` 中。Bakta 将根据输入文件的类型自动选择注释模式，并使用参考基因组序列文件 `reference_genome.fasta` 和参考基因组注释文件 `reference_annotation.gff` 进行注释。同时，Bakta 将使用 4 个线程进行并行处理，并设置质量控制阈值为 30。最后，注释结果将以 GFF 格式输出。