hisat2 -p 2 -x '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna' -U '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/SRR9429962.fasta.gz' -S hisat2_outdir.sam Warning: Invalid file format (ERR): "/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna" does not exist Exi
时间: 2023-07-11 20:59:40 浏览: 48
这个错误提示表明 HISAT2 在指定的路径下找不到参考基因组文件 '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/genomic.fasta.fna'。请检查文件路径是否正确,以及文件是否存在于指定的目录中。如果文件确实存在,请检查文件名拼写是否正确。如果文件不存在,请下载参考基因组文件并将其放入指定目录中。
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hisat2 -x '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis' -U '/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis/SRR9429962.fasta.gz' -S out.sam Warning: Invalid file format (ERR): "/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis" does not exist Exiting now ...
根据你提供的命令和错误信息,我猜测你可能是在运行 HISAT2 的 RNAseq 数据分析流程。出现这个错误的原因可能是 `/mnt/hgfs/H/DATA/RNAseq_analysis` 这个路径不存在。请检查该路径是否正确,并且确保你有读取该路径下文件的权限。此外,也要确保你已经正确安装了 HISAT2 软件。
一定要cd命令切换到人类基因组的目录下吗,可以在hisat2的命令里把hisat2 --dta -q -x genome改成hisat2 --dta -q -x /home/Reference_database/homo_sapiens/grch38/genome/genome吗
可以的,你可以在Hisat2命令中直接指定索引文件的完整路径,而不必使用`cd`命令切换到索引文件所在的目录。例如,你可以使用以下命令:
```
source activate Hisat2
mkdir -p /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141
hisat2 --dta -q -x /home/Reference_database/homo_sapiens/grch38/genome/genome -p 12 -U /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/001_AfterQC/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.good.fq.gz -S /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam
conda deactivate
```
这里的`-x`参数后面直接跟着索引文件的完整路径。这样做的好处是,可以避免切换目录的麻烦。