HISAT2-build 工具创建索引文件
时间: 2023-12-04 18:05:10 浏览: 419
hisat-0.1.6-beta-source.zip
HISAT2-build 工具可以使用 FASTA 格式的参考基因组文件创建索引文件。下面是一些基本的步骤:
1. 下载并解压 HISAT2 工具包,可以从 HISAT2 官方网站上下载:https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml
2. 进入到 HISAT2 工具包的目录,使用下面的命令创建索引文件:
```
hisat2-build [options] <reference_in> <ht2_index_base>
```
其中,reference_in 是参考基因组的文件名,ht2_index_base 是 HISAT2 索引文件的前缀。
例如,假设参考基因组的文件名为 genome.fasta,HISAT2 索引文件的前缀为 genome,则创建索引文件的命令如下:
```
hisat2-build genome.fasta genome
```
3. 等待 HISAT2-build 工具完成索引文件的创建。创建过程可能需要一些时间,具体时间取决于参考基因组的大小和计算机性能。
4. 索引文件创建完成后,您可以使用 HISAT2 工具对 RNAseq 数据进行比对和分析。
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