hisat2抱错显示-S不存在

如果在运行 HISAT2 时出现 "-S不存在" 的错误提示，通常有两种可能的原因：

1. 没有指定输出 SAM 文件的路径。在 HISAT2 中，使用 "-S" 参数来指定输出的 SAM 文件名，例如：

   hisat2 [options] -x <index> -U <reads> -S <sam>

如果未指定 "-S" 参数，或者指定的输出文件路径不存在，就会出现 "-S不存在" 的错误提示。因此，需要检查命令行中是否正确指定了 "-S" 参数，并且指定的输出文件名是否正确。

2. HISAT2 版本过低。有些旧版本的 HISAT2 可能存在 BUG，无法正确处理 "-S" 参数。因此，如果确定命令行中已正确指定 "-S" 参数，还是出现 "-S不存在" 的错误提示，就可能需要升级 HISAT2 到最新版本。

希望这些信息能够帮助您解决问题。

相关问题

一定要cd命令切换到人类基因组的目录下吗，可以在hisat2的命令里把hisat2 --dta -q -x genome改成hisat2 --dta -q -x /home/Reference_database/homo_sapiens/grch38/genome/genome吗

可以的，你可以在Hisat2命令中直接指定索引文件的完整路径，而不必使用`cd`命令切换到索引文件所在的目录。例如，你可以使用以下命令：

source activate Hisat2
mkdir -p /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141
hisat2 --dta -q -x /home/Reference_database/homo_sapiens/grch38/genome/genome -p 12 -U /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/001_AfterQC/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.good.fq.gz -S /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam
conda deactivate

这里的`-x`参数后面直接跟着索引文件的完整路径。这样做的好处是，可以避免切换目录的麻烦。

hisat2 --dta -q -x genome -p 12 -U /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/001_AfterQC/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.good.fq.gz -S /1/20230314_Jinan_Respiratory_tract/002_Hisat2/Part1_Ma/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141/QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam这段是啥意思

这是一条 hisat2 命令行的指令，用于将一个样本的 RNA-seq 数据比对到一个参考基因组上。具体来说，这条命令的含义是：

- 使用 hisat2 软件进行比对 (--dta 参数表示需要输出比对结果以便后续分析)
- 输入文件为单末端测序数据 (-U 参数指定输入文件，其后紧跟的是 fastq 文件的路径)
- 指定参考基因组的索引文件 (-x 参数指定索引文件的路径，这里为名为 genome 的索引)
- 使用 12 个线程进行比对 (-p 参数指定线程数)
- 输出比对结果到指定的文件中 (-S 参数指定输出文件的路径，这里为名为 QL21JS702543-1R-1L-UDB-141_UDB-141.sam 的 SAM 格式文件)。

该命令将会对指定路径下的 fastq 文件进行比对，并将比对结果输出到指定的 SAM 文件中。