df = pd.read_csv(file, index_col='Time', usecols=['Time', 'AccV', 'AccML', 'AccAP', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking'])
时间: 2023-10-23 18:34:28 浏览: 18
这段代码使用 pandas 库中的 read_csv 函数从一个文件中读取数据,并将其存储在 DataFrame 对象 df 中。其中 file 参数指定了文件的路径,index_col 参数指定 DataFrame 中的时间列为 'Time',usecols 参数指定只读取文件中的 'Time', 'AccV', 'AccML', 'AccAP', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking' 这些列。这个数据集包含了时间列和一些加速度计的读数(AccV, AccML, AccAP)以及一些标签(StartHesitation, Turn, Walking)。
相关问题
请详细解释一下这段代码,每一句给上相应的详细注解:def reader(f): try: df = pd.read_csv(f, index_col="Time", usecols=['Time', 'AccV', 'AccML', 'AccAP', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking']) df['Id'] = f.split('/')[-1].split('.')[0] df['Module'] = pathlib.Path(f).parts[-2] df['Time_frac']=(df.index/df.index.max()).values#currently the index of data is actually "Time" df = pd.merge(df, tasks[['Id','t_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1) # df = pd.merge(df, subjects[['Id','s_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1) df = pd.merge(df, metadata_complex[['Id','Subject']+['Visit','Test','Medication','s_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1) df_feats = fc.calculate(df, return_df=True, include_final_window=True, approve_sparsity=True, window_idx="begin").astype(np.float32) df = df.merge(df_feats, how="left", left_index=True, right_index=True) df.fillna(method="ffill", inplace=True) return df except: pass train = pd.concat([reader(f) for f in tqdm(train)]).fillna(0); print(train.shape) cols = [c for c in train.columns if c not in ['Id','Subject','Module', 'Time', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking', 'Valid', 'Task','Event']] pcols = ['StartHesitation', 'Turn' , 'Walking'] scols = ['Id', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking']
这段代码的功能是读取多个CSV文件,并将它们合并为一个大的DataFrame,并进行一些特征工程。下面是每行代码的详细注释:
```python
def reader(f): # 定义一个函数,输入参数为文件路径f
try: # 尝试执行以下代码
# 读取f文件中的csv数据,其中"Time"列为索引列,只读取列"Time", "AccV", "AccML", "AccAP", "StartHesitation", "Turn", "Walking"
df = pd.read_csv(f, index_col="Time", usecols=['Time', 'AccV', 'AccML', 'AccAP', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking'])
# 将f文件的文件名作为Id列添加到DataFrame中
df['Id'] = f.split('/')[-1].split('.')[0]
# 将f文件的父目录名称添加到Module列中
df['Module'] = pathlib.Path(f).parts[-2]
# 将时间轴标准化到[0, 1]范围内
df['Time_frac']=(df.index/df.index.max()).values
# 将数据按照Id进行左连接,连接tasks中的't_kmeans'列,如果缺失值则用-1填充
df = pd.merge(df, tasks[['Id','t_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1)
# 将数据按照Id进行左连接,连接subjects中的's_kmeans'列,如果缺失值则用-1填充
df = pd.merge(df, subjects[['Id','s_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1)
# 将数据按照Id和Subject进行左连接,连接metadata_complex中的['Visit','Test','Medication','s_kmeans']列,如果缺失值则用-1填充
df = pd.merge(df, metadata_complex[['Id','Subject']+['Visit','Test','Medication','s_kmeans']], how='left', on='Id').fillna(-1)
# 对df数据进行特征工程,返回DataFrame,计算的特征包括初始窗口和最终窗口
df_feats = fc.calculate(df, return_df=True, include_final_window=True, approve_sparsity=True, window_idx="begin").astype(np.float32)
# 将df和df_feats按照索引进行左连接
df = df.merge(df_feats, how="left", left_index=True, right_index=True)
# 对df中的缺失值进行前向填充
df.fillna(method="ffill", inplace=True)
# 返回处理后的DataFrame
return df
except: # 如果执行失败,则跳过该文件
pass
# 对train列表中的所有文件进行读取和处理,并将它们合并到一个DataFrame中
train = pd.concat([reader(f) for f in tqdm(train)]).fillna(0)
# 打印合并后DataFrame的形状
print(train.shape)
# 选取要用于训练的列,去除不需要的列
cols = [c for c in train.columns if c not in ['Id','Subject','Module', 'Time', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking', 'Valid', 'Task','Event']]
# 保留用于分析的列
pcols = ['StartHesitation', 'Turn' , 'Walking']
# 保留用于聚类的列
scols = ['Id', 'StartHesitation', 'Turn' , 'Walking']
```
请详细解释一下这段代码,每一句给上相应的详细注解:basic_feats = MultipleFeatureDescriptors( functions=seglearn_feature_dict_wrapper(base_features()), series_names=['AccV', 'AccML', 'AccAP'], windows=[5_000], strides=[5_000], ) emg_feats = emg_features() del emg_feats['simple square integral'] # is same as abs_energy (which is in base_features) emg_feats = MultipleFeatureDescriptors( functions=seglearn_feature_dict_wrapper(emg_feats), series_names=['AccV', 'AccML', 'AccAP'], windows=[5_000], strides=[5_000], ) fc = FeatureCollection([basic_feats, emg_feats])
这段代码的作用是定义了一个特征提取的过程,用于从一系列的信号数据中提取出一些有用的特征。具体地说,这段代码做了以下几件事情:
1. 定义基本的特征:首先调用 `base_features` 函数生成一些基本的特征,然后将这些特征作为参数传递给 `seglearn_feature_dict_wrapper` 函数,生成一个特征提取器的字典对象。这里的 `seglearn_feature_dict_wrapper` 是一个函数,它将一个特征提取器的字典对象转换为 `seglearn` 模块所需的格式。最后,使用 `MultipleFeatureDescriptors` 类将这个特征提取器的字典对象封装起来,以方便后续的使用。
2. 定义 EMG 信号的特征:接下来调用 `emg_features` 函数生成一些 EMG 信号相关的特征,然后删除其中一个重复的特征名称。再次使用 `seglearn_feature_dict_wrapper` 和 `MultipleFeatureDescriptors` 将这个特征提取器封装起来。
3. 定义 FeatureCollection:最后,将上述两个特征提取器对象合并成一个 `FeatureCollection` 对象,以便在后续的使用中可以方便地调用这些特征提取器。这个 `FeatureCollection` 对象可以看作是一个特征提取器的集合,可以在不同的数据集上进行特征提取操作。其中,`series_names` 参数指定了数据集中信号的名称,`windows` 和 `strides` 参数则指定了每个信号的窗口大小和步长,用于分段进行特征提取。