查看jupyter中rdkit中的SDF 文件
时间: 2024-05-05 18:18:34 浏览: 14
您可以使用RDKit库中的函数来读取SDF文件。首先导入RDKit库,然后使用以下代码读取SDF文件:
```
from rdkit import Chem
# 文件路径
file_path = "/path/to/sdf/file.sdf"
# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path)
# 遍历每个分子
for mol in suppl:
# 处理每个分子
pass
```
请注意,以上代码适用于单个分子的SDF文件。如果您的SDF文件包含多个分子,则可以使用以下代码:
```
# 文件路径
file_path = "/path/to/sdf/file.sdf"
# 读取SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path)
# 遍历每个分子
for i, mol in enumerate(suppl):
# 处理每个分子
pass
```
希望这可以帮助您读取SDF文件。
相关问题
python怎么把sdf文件中的分子切割成子结构
要将SDF文件中的分子切割成子结构,可以使用RDKit库。以下是一个示例代码,可以将SDF文件中的每个分子切割成子结构并保存到一个新的SDF文件中:
```python
from rdkit import Chem
# 读入SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('input.sdf')
# 新建SDF文件
w = Chem.SDWriter('output.sdf')
# 对每个分子进行处理
for mol in suppl:
# 获取分子中所有的子结构
sub_mols = Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)
# 对每个子结构进行处理
for sub_mol in sub_mols:
# 将子结构添加到新的SDF文件中
w.write(sub_mol)
# 关闭SDF文件
w.close()
```
在上面的代码中,我们先使用`Chem.SDMolSupplier`函数读入SDF文件。然后,对于每个分子,我们使用`Chem.GetMolFrags`函数获取所有的子结构。最后,对于每个子结构,我们将其添加到新的SDF文件中,并使用`Chem.SDWriter`函数将其保存到文件中。
matlab中SDF函数
在Matlab中,可以使用libigl或者cgal库中的函数来调用SDF(Signed Distance Function)函数。具体来说,可以使用cgal库中的sdf_values函数来计算SDF值。在编译gptoolbox时,可以使用cmake来生成sdf_values.mexw64文件。然后,在Matlab客户端中,可以通过以下命令调用该函数:
[~, fsdf] = sdf_values(V1', F1', 2*pi/3, 8, 1);
这将计算出V1和F1表示的三维几何体的SDF值,并将结果存储在fsdf变量中。请注意,为了使用该函数,需要先启动Matlab进程。如果Matlab进程已经启动,则MLOpen函数不进行任何操作;如果关闭了Matlab进程,则可以使用MLOpen来重新启动Matlab。此外,sdf_values函数只能在宏子例程中使用,因此需要在MLAutoStart函数中使用"no"参数,手动使用Matlabinit来初始化ExcelLink和启动Matlab进程。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span><span class="em">4</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [matlab编译并使用sdf_values](https://blog.csdn.net/zjf6738/article/details/127574835)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"]
- *3* *4* [matlab sdf文件怎么打开,sdf文件格式变成excel后如何还原](https://blog.csdn.net/weixin_36477752/article/details/115940276)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v93^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"]
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