python怎么把sdf文件中的分子切割成子结构

使用Open Babel可以很容易地实现将SDF文件中的分子切割成子结构的操作。以下是一个简单的Python代码示例：

import openbabel as ob

# 打开SDF文件
mol_file = 'molecules.sdf'
ob_conversion = ob.OBConversion()
ob_conversion.SetInFormat('sdf')
mol = ob.OBMol()
ob_conversion.ReadFile(mol, mol_file)

# 切割成子结构
substructures = []
ob_pattern = ob.OBSmartsPattern()
ob_pattern.Init('[CH3][CH3]')
while ob_pattern.Match(mol):
    # 提取匹配到的子结构
    ob_match = ob_pattern.GetMapList()
    sub_mol = ob.OBMol()
    ob_subsearch = ob.OBSubSearch(ob_match)
    ob_subsearch.Match(mol)
    ob_subsearch.GetMatches()
    ob_subsearch.GetMolecule(sub_mol)
    substructures.append(sub_mol)

# 输出子结构
for i, sub_mol in enumerate(substructures):
    sub_file = f'substructure_{i+1}.sdf'
    ob_conversion.WriteFile(sub_mol, sub_file)

在此示例中，我们使用Open Babel将SDF文件读入到一个`ob.OBMol`对象中，然后使用SMARTS模式定义匹配规则，例如`[CH3][CH3]`用于匹配两个甲基基团。然后，我们使用`ob_pattern.Match(mol)`函数在分子中查找匹配的子结构，并将其提取为一个新的`ob.OBMol`对象。最后，我们将每个子结构保存到一个单独的SDF文件中。