怎么用python把csv格式转为sdf格式

要将CSV格式转换为SDF格式，需要使用Python中的pandas和RDKit库。以下是转换的步骤：

1. 安装pandas和RDKit库：

pip install pandas
pip install rdkit

2. 导入库：

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import PandasTools

3. 读取CSV文件：

df = pd.read_csv('filename.csv')

4. 将CSV文件转换为分子对象：

df['Molecule'] = df['SMILES'].apply(lambda x: Chem.MolFromSmiles(x))

5. 将分子对象转换为SDF格式并保存：

PandasTools.WriteSDF(df, 'filename.sdf')

完整代码示例：

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import PandasTools

df = pd.read_csv('filename.csv')
df['Molecule'] = df['SMILES'].apply(lambda x: Chem.MolFromSmiles(x))
PandasTools.WriteSDF(df, 'filename.sdf')

注意：在转换过程中，需要确保CSV文件中包含SMILES列，并且SMILES列中的分子结构是有效的。如果SMILES列中存在无效的分子结构，将会出现转换错误。