怎么用python把csv格式转为sdf格式，并在smiles格式错误时跳过继续运行

要将CSV格式转换为SDF格式，可以使用RDKit Python库。

以下是一个示例代码，它将CSV文件中的SMILES列转换为SDF文件，并在SMILES格式错误时跳过并继续运行。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
import csv

# CSV文件路径
csv_file = 'input.csv'

# SDF文件路径
sdf_file = 'output.sdf'

# 读取CSV文件
with open(csv_file, 'r') as f:
    reader = csv.DictReader(f)
    mols = []

    # 遍历CSV文件中的每一行
    for row in reader:
        # 根据SMILES字符串创建分子
        try:
            mol = Chem.MolFromSmiles(row['SMILES'])
            # 添加分子到列表中
            mols.append(mol)
        except:
            # 如果SMILES格式错误，则打印错误信息并跳过
            print('Error processing SMILES:', row['SMILES'])
            continue

# 将所有分子转换为SDF格式并保存到文件中
w = Chem.SDWriter(sdf_file)
for mol in mols:
    AllChem.EmbedMolecule(mol)
    AllChem.UFFOptimizeMolecule(mol)
    w.write(mol)
w.close()

在此示例代码中，我们使用了RDKit库中的SDWriter类，该类可将分子对象写入SDF文件中。我们在循环中遍历CSV文件的每一行，如果SMILES字符串格式正确，则使用Chem.MolFromSmiles()函数将其转换为分子对象，并将其添加到分子列表中。如果SMILES格式错误，则打印错误消息并跳过。在处理完所有分子后，我们使用Chem.SDWriter()类将分子列表中的所有分子转换为SDF格式，并将其保存到文件中。

请注意，本示例代码仅处理CSV文件中的SMILES列。如果您需要处理其他列，请相应地修改代码。