批量将smiles转为sdf
时间: 2023-09-03 15:07:29 浏览: 1281
利用rdkit将smiles转化为原子坐标键数据,并用正则表达式将数据提取
您可以使用Open Babel工具来批量将SMILES转换为SDF格式。以下是在命令行中使用Open Babel进行批量转换的示例:
1. 首先,安装Open Babel工具,并确保其可在命令行中使用。
2. 将所有包含SMILES字符串的文件放置在同一目录中。
3. 在命令行中,转到包含这些文件的目录。
4. 运行以下命令:
```
obabel -ismi *.smi -osdf -O *.sdf
```
这将将所有SMILES文件转换为SDF格式,并将它们保存在相同的目录中。
注意:在这个命令中,`*.smi`表示所有扩展名为`.smi`的文件,`*.sdf`表示所有扩展名为`.sdf`的文件。如果您的文件扩展名不同,请相应地更改命令。
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