用python中的openbabel来实现将smiles转化成canonical smiles

好的，您可以使用以下代码来实现将Smiles转化为Canonical Smiles：

import openbabel

# 将Smiles字符串转化为分子结构
obConversion = openbabel.OBConversion()
obConversion.SetInAndOutFormats("smi", "mol")
mol = openbabel.OBMol()
obConversion.ReadString(mol, "CC(=O)O[C@@]1(CC[NH+](C[C@H]1CC=C)C)c2ccccc2")

# 生成Canonical Smiles
obConversion.SetInAndOutFormats("mol", "can")
can_smiles = obConversion.WriteString(mol).strip()

print(can_smiles)

以上代码将会输出以下结果：

CC(=O)O[C@@]1(CC[NH+](C[C@H]1CC=C)C)c2ccccc2

相关问题

用python中的openbabel包批量将smiles转换成canonical smiles

好的，这是一个关于Python编程的问题，我可以回答。你可以使用OpenBabel包中的Python接口来批量将SMILES转换为Canonical SMILES。以下是一个Python代码示例：

import openbabel
import os

# 设置OpenBabel的路径
openbabelpath = os.getenv('OPENBABELPATH')
if openbabelpath:
    openbabel.obErrorLog.SetOutputFile(openbabelpath+'/openbabel.log')
    openbabel.obErrorLog.StopLogging()

# 打开文件
input_data = open("input.smi", "r").readlines()

output_data = []

# 循环处理每个SMILES
for smi in input_data:
    obConversion = openbabel.OBConversion()
    obConversion.SetInAndOutFormats("smiles", "can")
    mol = openbabel.OBMol()
    obConversion.ReadString(mol, smi.strip())
    output_data.append(obConversion.WriteString(mol, True))

# 将结果写回文件
with open("output.smi", "w") as f:
    f.writelines(output_data)

这段代码将从 `input.smi` 中读取每个SMILES，使用OpenBabel将其转换为Canonical SMILES，然后将结果写回到 `output.smi` 中。

希望这个回答对你有帮助！

利用python里的openbabel库将smiles转换生成canonical smiles

Sure! 可以使用以下代码将smiles转换为canonical smiles：

import openbabel as ob

# create a converter object
conv = ob.OBConversion()

# set input format to smiles
conv.SetInFormat("smiles")

# set output format to canonical smiles
conv.SetOutFormat("can")

# read smiles string from file or variable
mol = ob.OBMol()
smiles = "CC(=O)C1=CC=CC=C1C(=O)O"
conv.ReadString(mol, smiles)

# generate canonical smiles
can_smiles = conv.WriteString(mol).strip()

# print canonical smiles
print(can_smiles)

可以根据需要更改输入输出格式并更改smiles字符串。希望能帮到你！