from rdkit import Chem mols = df[‘SMILES’].apply(Chem.MolFromSmiles)用上述代码将smiles格式转为mol格式,接着保存为什么格式的文件能方便被padel软件处理,给出代码
时间: 2024-10-24 10:03:17 浏览: 36
利用rdkit将smiles转化为原子坐标键数据,并用正则表达式将数据提取
这段代码利用了rdkit库中的`Chem.MolFromSmiles`函数,它将输入的SMILES字符串转换成Mol(分子)对象,这是一种化学结构数据的标准表示形式。SMILES是一种用于描述有机分子结构的线性文本编码。
为了方便Padel软件处理这些Mol对象,并通常以更易于机器学习模型读取的方式保存,我们可以选择常见的二进制格式,如MDL Molfile(`.mol`),SDF(`.sdf`)或PDB(`.pdb`)格式,特别是对于需要结构信息的深度学习任务。Padel可能对这些特定格式有内置支持,可以更容易地解析和导入分子特征。
保存代码示例:
```python
from rdkit import Chem
import pandas as pd
# 假设df是一个包含SMILES列的DataFrame
mols = df['SMILES'].apply(Chem.MolFromSmiles)
# 将Mol对象存储到SDF(`.sdf`)文件中,因为Padel可能支持这个格式
with open('molecules.sdf', 'w') as f:
for mol in mols:
if mol is not None: # 检查是否成功转换
Chem.SDWriter(f).write(mol)
```
这样,Padel可以直接读取`sdf`文件并从中提取必要的结构特征。
阅读全文