for smiles in smiles_list: mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) mols.append(mol) def fragment_score(mols, fragment_lib): fragments = set() for mol in mols: mol_fragment = Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True) for mol_frag in mol_fragment:优化这段代码

时间: 2024-02-19 22:03:18 浏览: 20
这段代码可以进行如下优化: 1. 使用列表推导式替换 for 循环添加元素到列表的操作,可以让代码更简洁: ``` mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list] ``` 2. 可以使用集合推导式替换双重循环添加元素到集合的操作,可以让代码更简洁: ``` fragments = {mol_frag for mol in mols for mol_frag in Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)} ``` 3. 可以使用生成器表达式替换列表推导式,可以避免创建中间结果列表,提高代码的效率: ``` mols = (Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list) ``` 4. 可以使用列表生成器替换集合推导式,可以避免创建中间结果集合,提高代码的效率: ``` fragments = [mol_frag for mol in mols for mol_frag in Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)] ``` 综上所述,优化后的代码可以写成以下几种形式: 1. 使用列表推导式和集合推导式: ``` mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list] fragments = {mol_frag for mol in mols for mol_frag in Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)} ``` 2. 使用生成器表达式和列表生成器: ``` mols = (Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list) fragments = [mol_frag for mol in mols for mol_frag in Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)] ``` 注意,如果需要多次使用 `mols`,最好使用列表推导式创建列表,因为生成器只能遍历一次。

相关推荐

import argparse import numpy as np from openeye import oechem def clear_stereochemistry(mol): clear_atom_stereochemistry(mol) clear_bond_sterochemistry(mol) oechem.OESuppressHydrogens(mol, False, False, False) def clear_atom_stereochemistry(mol): for atom in mol.GetAtoms(): chiral = atom.IsChiral() stereo = oechem.OEAtomStereo_Undefined v = [] for nbr in atom.GetAtoms(): v.append(nbr) if atom.HasStereoSpecified(oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral): stereo = atom.GetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral) if chiral or stereo != oechem.OEAtomStereo_Undefined: atom.SetStereo(v, oechem.OEAtomStereo_Tetrahedral, oechem.OEAtomStereo_Undefined) def clear_bond_sterochemistry(mol): for bond in mol.GetBonds(): if bond.HasStereoSpecified(oechem.OEBondStereo_CisTrans): for atomB in bond.GetBgn().GetAtoms(): if atomB == bond.GetEnd(): continue for atomE in bond.GetEnd().GetAtoms(): if atomE == bond.GetBgn(): continue v = [] v.append(atomB) v.append(atomE) stereo = bond.SetStereo(v, oechem.OEBondStereo_CisTrans, oechem.OEBondStereo_Undefined) def abs_smi(x): mol = oechem.OEGraphMol() if oechem.OESmilesToMol(mol, x): clear_stereochemistry(mol) return oechem.OEMolToSmiles(mol) else: return np.nan if __name__ == '__main__': parser = argparse.ArgumentParser(description="Remove stereochemistry from the input data set.") parser.add_argument("--in",dest="infile",help="whitespace-delimited input file",metavar="in.csv") parser.add_argument("--out", dest="outfile", help="output file", metavar="out.csv") args = parser.parse_args() n=0 with open(args.infile, 'r') as ifs: with open(args.outfile, 'w') as ofs: for line in ifs: if n==0: ofs.write(line) n=1 else: parsed = line.strip().split(',') if ('.' not in parsed[0]): ofs.write(f"{abs_smi(parsed[0])},{parsed[1]}\n")

最新推荐

recommend-type

Unity Terrain Adjust

核心特性:地形调整的灵活性 地形高度与坡度调整: 利用Terrain Adjust,设计师可以根据需要轻松调整地形的高度和坡度,创造出更加自然和真实的环境。 光滑边缘处理: 工具提供了边缘平滑功能,确保地形调整后的过渡自然,避免了突兀的高低变化。 自定义画笔设置: 可调整画笔大小、衰减、间距等参数,让设计师能够精确控制地形的每一个细节。 应用场景:多样化的地形创作 道路与岩石融合: 利用Terrain Adjust,可以将道路和岩石自然地混合到地形中,为游戏世界增添更多细节。 坡道创建: 工具还支持创建坡道,为游戏中的车辆或其他移动元素提供更加丰富的地形变化。 技术细节:轻量级与高效 编辑器专用: 作为编辑器的专用工具,Terrain Adjust不会对项目造成混乱,保持了工作环境的整洁。 Collider需求: 为了使用Terrain Adjust,目标对象需要有Collider组件,以确保地形调整的准确性。 Terrain Adjust工具以其轻量级设计和强大的地形调整功能,成为了Unity环境设计师的得力助手。它不仅提高了工作效率,还为创造更加丰富和真实的游戏世界提供了可能。
recommend-type

基于 Shell 的驾照理论考试练习软件的设计与实现

【作品名称】:基于 Shell 的驾照理论考试练习软件的设计与实现 【适用人群】:适用于希望学习不同技术领域的小白或进阶学习者。可作为毕设项目、课程设计、大作业、工程实训或初期项目立项。 【项目介绍】: 测试题数据存储设计 # 测试题目文件夹 # 每个测试题作为一个目录,目录下面必须有 content.txt、options.txt 和 answer.txt 三个文件 # content.txt 文件内容为题目内容 # options.txt 文件内容为题目选项,每个选项占一行 # answer.txt 文件内容为正确答案 export tests_folder='./tests' 复习错题集自动删除答对的错题 export failed_list_file='failed.txt' # 错题集文件 sed -i '' "/$test/d" $failed_list_file
recommend-type

PiP-Tool.msi

PiP-Tool
recommend-type

zigbee-cluster-library-specification

最新的zigbee-cluster-library-specification说明文档。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成

![实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/10eb2e6972b3b6086286fc64c0b3ee41.jpeg) # 1. 实时数据湖架构概述** 实时数据湖是一种现代数据管理架构,它允许企业以低延迟的方式收集、存储和处理大量数据。与传统数据仓库不同,实时数据湖不依赖于预先定义的模式,而是采用灵活的架构,可以处理各种数据类型和格式。这种架构为企业提供了以下优势: - **实时洞察:**实时数据湖允许企业访问最新的数据,从而做出更明智的决策。 - **数据民主化:**实时数据湖使各种利益相关者都可
recommend-type

SPDK_NVMF_DISCOVERY_NQN是什么 有什么作用

SPDK_NVMF_DISCOVERY_NQN 是 SPDK (Storage Performance Development Kit) 中用于查询 NVMf (Non-Volatile Memory express over Fabrics) 存储设备名称的协议。NVMf 是一种基于网络的存储协议,可用于连接远程非易失性内存存储器。 SPDK_NVMF_DISCOVERY_NQN 的作用是让存储应用程序能够通过 SPDK 查询 NVMf 存储设备的名称,以便能够访问这些存储设备。通过查询 NVMf 存储设备名称,存储应用程序可以获取必要的信息,例如存储设备的IP地址、端口号、名称等,以便能
recommend-type

JSBSim Reference Manual

JSBSim参考手册,其中包含JSBSim简介,JSBSim配置文件xml的编写语法,编程手册以及一些应用实例等。其中有部分内容还没有写完,估计有生之年很难看到完整版了,但是内容还是很有参考价值的。
recommend-type

"互动学习:行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动,互动学习以行动为中心的强化学习学会互动,互动学习,以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授:智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授,大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授,Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士,Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先,我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔,"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲,你知道在这篇论文的(许多)错误中,你是我可以依
recommend-type

实现实时监控告警系统:Kafka与Grafana整合

![实现实时监控告警系统:Kafka与Grafana整合](https://imgconvert.csdnimg.cn/aHR0cHM6Ly9tbWJpei5xcGljLmNuL21tYml6X2pwZy9BVldpY3ladXVDbEZpY1pLWmw2bUVaWXFUcEdLT1VDdkxRSmQxZXB5R1lxaWNlUjA2c0hFek5Qc3FyRktudFF1VDMxQVl3QTRXV2lhSWFRMEFRc0I1cW1ZOGcvNjQw?x-oss-process=image/format,png) # 1.1 Kafka集群架构 Kafka集群由多个称为代理的服务器组成,这