# coding=utf-8 from rdkit import Chem import pandas as pd # 读取CSV文件 data = pd.read_csv('dataSetA.csv') # 提取SMILES列 smiles = data['rxn_Smiles'] # 遍历每个SMILES字符串并打印结构式 for smi in smiles: mol = Chem.MolFromSmiles(smi) if mol is not None: Chem.Draw.MolToMPL(mol) # 在Matplotlib中绘制结构式
时间: 2024-04-18 18:23:19 浏览: 27
这段代码使用了RDKit库来处理化学数据,并绘制了结构式。
首先,代码导入了所需的模块和库。`rdkit`是一个用于化学信息学的Python库,`pandas`用于处理数据。
然后,代码通过`pd.read_csv('dataSetA.csv')`读取了名为`dataSetA.csv`的CSV文件,并将其存储在名为`data`的DataFrame中。
接下来,代码提取了名为`rxn_Smiles`的列的值,并将其存储在名为`smiles`的变量中。
然后,代码使用一个循环遍历每个SMILES字符串,并使用RDKit库的`Chem.MolFromSmiles()`方法将其转换为RDKit分子对象。如果分子对象不为空,则使用`Chem.Draw.MolToMPL()`方法在Matplotlib中绘制结构式。
请注意,为了运行这段代码,你需要安装RDKit和pandas库,并提供正确的CSV文件路径。另外,你可能还需要其他的配置和依赖项来运行该代码。
相关问题
#coding=utf-8 from requests_html import HTMLSession session = HTMLSession() import time import csv import os 什么意思
这段代码的作用是导入所需的模块和库,以及设置Python源文件的编码格式为UTF-8。
- `from requests_html import HTMLSession` 导入了名为`HTMLSession`的类,该类可以用于进行HTTP请求和解析HTML内容。
- `session = HTMLSession()` 创建了一个`HTMLSession`的实例对象,用于发送HTTP请求和处理响应。
- `import time` 导入了Python内置的`time`模块,用于进行时间相关的操作,如暂停程序执行。
- `import csv` 导入了Python内置的`csv`模块,用于读写CSV文件。
- `import os` 导入了Python内置的`os`模块,用于与操作系统进行交互,如文件操作和路径操作。
最后一行 `#coding=utf-8` 是一个注释,它表示该源文件的编码格式是UTF-8。这是一种常见的编码格式,用于支持多种语言和字符集。在Python 3中,通常不需要显式地声明编码格式,因为默认编码格式就是UTF-8。但是在旧版本的Python或特定环境中,可能需要添加这样的注释来确保正确的编码处理。
# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetA.csv') # 提取 rxn_smiles 列 rxn_smiles = data['rxn_Smiles'] # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 for smi in rxn_smiles: print(smi) rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.show() img.save(f'structure_{rxn}.png') else: print("Failed to parse rxn_smiles.")
这段代码使用了RDKit库来读取一个CSV文件,并提取其中的rxn_Smiles列。然后,对于每个rxn_smiles字符串,它尝试将其解析为化学反应,并使用Draw.ReactionToImage函数将反应结构绘制为图像。
首先,使用pandas库的read_csv函数读取名为dataSetA.csv的CSV文件,并将其存储在名为data的DataFrame对象中。
然后,使用data['rxn_Smiles']语句提取了rxn_Smiles列的值,并将其存储在名为rxn_smiles的变量中。
接下来,通过遍历rxn_smiles列表中的每个字符串,使用Chem.AllChem.ReactionFromSmarts函数尝试将rxn_smiles解析为化学反应对象rxn。如果成功解析,则使用Draw.ReactionToImage函数将反应结构绘制为图像,并显示出来。
最后,使用img.save函数将图像保存为PNG文件,文件名以'structure_'开头,并以rxn作为后缀。
请确保将代码中的'dataSetA.csv'替换为您实际的CSV文件路径和文件名。这样,您就可以将rxn_Smiles列中的反应结构绘制为图像并保存为PNG文件了。
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