优化这段代码from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 输入化学分子式 smiles = input("请输入化学分子式:") # 将SMILES字符串转化为分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) # 生成所有可能的立体异构体 mol = Chem.AddHs(mol) AllChem.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=100) AllChem.UFFOptimizeMoleculeConfs(mol) # 输出所有立体异构体的SMILES字符串 for i, conf in enumerate(mol.GetConformers()): print(f"立体异构体{i+1}:{Chem.MolToSmiles(mol, confId=conf.GetId())}")
时间: 2024-02-03 21:01:47 浏览: 168
可以考虑使用RDKit中的ParallelMolBuilder来并行生成分子构象,以提高效率。另外,可以通过设置EmbedParameters来调整构象生成参数,以生成更合适的构象。下面是优化后的代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 输入化学分子式
smiles = input("请输入化学分子式:")
# 将SMILES字符串转化为分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 生成所有可能的立体异构体
mol = Chem.AddHs(mol)
# 设置构象生成参数
params = AllChem.ETKDGv3()
# 并行生成分子构象
builder = AllChem.ParallelMolBuilder()
builder.EmbedMultipleConfs(mol, numConfs=100, params=params)
# 优化构象
AllChem.UFFOptimizeMoleculeConfs(mol)
# 输出所有立体异构体的SMILES字符串
for i, conf in enumerate(mol.GetConformers()):
print(f"立体异构体{i+1}:{Chem.MolToSmiles(mol, confId=conf.GetId())}")
```
注意,ParallelMolBuilder只能在RDKit安装时选择了OpenMP选项编译时才可用。如果无法使用ParallelMolBuilder,可以考虑使用多进程或多线程来并行生成分子构象。
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