from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd

import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem

# 读取数据文件
data = pd.read_csv('input.csv')

# 获取rxn_smiles列的数据
rxn_smiles = data['rxn_smiles']

# 遍历每个 rxn_smiles 字符串并保存图片
for i, smi in enumerate(rxn_smiles):
print(smi)
rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi)
if rxn is not None:
# 绘制反应结构
img = Draw.ReactionToImage(rxn)
img.show()
img.save(f'reaction_{i}.png')
else:
print("Failed to parse rxn_smiles:", smi)

相关问题

# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetA.csv') # 提取 rxn_smiles 列 rxn_smiles = data['rxn_Smiles'] # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 for smi in rxn_smiles: print(smi) rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.show() else: print("Failed to parse rxn_smiles.")最后要保存成图片要怎么写

要将绘制的反应结构保存为图片，您可以使用`img.save`方法来保存图片。以下是修改后的代码示例：

# 遍历每个 rxn_smiles 字符串并保存图片
for i, smi in enumerate(rxn_smiles):
    print(smi)
    rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi)
    if rxn is not None:
        # 绘制反应结构
        img = Draw.ReactionToImage(rxn)
        img.save(f'reaction_{i}.png')
    else:
        print("Failed to parse rxn_smiles.")

在上述代码中，添加了一个`enumerate`函数来获得循环的索引值，以便在保存文件时为每个反应结构创建唯一的文件名。通过在`img.save`方法中传递文件名参数，可以将绘制的反应结构保存为PNG文件。

请注意，将文件名设置为`reaction_{i}.png`会根据循环的索引值创建唯一的文件名。如果您希望使用其他文件名格式，请根据需要进行修改。确保在适当的位置进行替换，以指定您希望保存图像的文件路径和文件名。

# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd import os import csv # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetB.csv') # 提取 rxn_smiles 列 # 获取每一列的数据 smiles_mapping_namerxn = data['rxnSmiles_Mapping_NameRxn'] smiles_mapping_indigotk = data['rxnSmiles_Mapping_IndigoTK'] smiles_indigoautomapperknime = data['rxnSmiles_IndigoAutoMapperKNIME'] # 创建目录 os.makedirs('D:/1/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/2/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/3/', exist_ok=True) # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_namerxn): # print(smi) # rxn = chem.allchem.reactionfromsmarts(smi) # if rxn is not none: # # 绘制反应结构 # img = draw.reactiontoimage(rxn) # img.show() # img.save(f'd:/1/reaction_{i}.png') # else: # #当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("failed to parse rxn_smiles.", smi) #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_indigotk): # print(smi) # rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) # if rxn is not None: # 绘制反应结构 # img = Draw.ReactionToImage(rxn) # img.save(f'D:/2/reaction_{i}.png') # else: # 当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("Failed to parse rxn_smiles.", smi) def new_func(smi): rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) return rxn #for i, smi in enumerate(smiles_indigoautomapperknime): # print(smi) # rxn = new_func(smi) # if rxn is not None: with open('your_file.csv', 'r') as file: reader = csv.reader(file) rows = list(reader) for row in rows[42154:]: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.save(f'D:/3/reaction_{i}.png') lines=lines+1 else: #当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)什么地方错了。、

在你提供的代码中，有几个问题需要解决：

1. 在使用 `csv.reader()` 读取 CSV 文件之前，你需要将文件路径 `'your_file.csv'` 指定为实际的文件路径，或者确保该文件与代码在同一目录下。

2. 在处理每一行数据之前，你需要根据需要通过 `new_func()` 函数将 SMILES 转化为反应对象 `rxn`。

3. 在 `for` 循环中，你需要使用 `enumerate()` 函数来获取索引 `i` 和对应的行数据 `row`。

修改后的代码示例如下：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
import csv

def new_func(smi):
    rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi)
    return rxn

with open('your_file.csv', 'r') as file:
    reader = csv.reader(file)
    rows = list(reader)

for i, row in enumerate(rows[42154:]):
    smi = row[0]  # 假设 SMILES 数据在第一列
    print(smi)
    rxn = new_func(smi)
    if rxn is not None:
        # 绘制反应结构
        img = Draw.ReactionToImage(rxn)
        img.save(f'D:/3/reaction_{i}.png')
    else:
        print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)

请根据实际情况修改代码中的文件路径和数据列索引，以满足你的需求。另外，请确保相关的库已经正确安装。如果还有其他问题，请提供具体的错误信息，以便我可以更好地帮助你。