我基于“AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect”得到的分子指纹结果,如SMILES为OC(=O)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)F,得到的分子指纹是<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x000001F23787FCF0>,这属于分类变量还是数值呢,我将这个结果放到数据集中建立XGB模型,结果显示分子指纹这一列为object而非数值,请问是哪里出错了吗
时间: 2024-04-10 22:34:59 浏览: 173
基于smiles的神经网络预测分子性质.
根据你提供的信息,分子指纹的结果 `<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x000001F23787FCF0>` 是一个对象(object),而不是数值。这可能是因为你直接将分子指纹对象作为列添加到数据集中,导致该列被识别为对象类型。
为了使分子指纹作为数值特征被正确处理,你需要将其转换为数值数组或向量。你可以使用 `rdkit.DataStructs.ExplicitBitVect` 对象的 `.ToBitString()` 方法将其转换为字符串,然后再将字符串转换为数值数组。
以下是一个示例代码片段,展示了如何将分子指纹转换为数值数组:
```python
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator
import numpy as np
import xgboost as xgb
# 读取数据集
data = pd.read_csv('your_data.csv')
# 转换SMILES为分子指纹
fps = []
for smiles in data['SMILES']:
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
fp = rdFingerprintGenerator.GetCountFPs([mol])[0]
fps.append(fp.ToBitString())
# 将分子指纹转换为数值数组
fps_array = np.array([list(fp) for fp in fps], dtype=int)
# 将分子指纹加入数据集
data['Fingerprint'] = fps_array.tolist()
# 准备训练数据
X = np.array(data['Fingerprint'])
y = np.array(data['target_variable'])
# 定义XGBoost模型
model = xgb.XGBClassifier()
# 拟合模型
model.fit(X, y)
# 进行预测
predictions = model.predict(X)
```
通过将分子指纹转换为字符串,然后将字符串转换为数值数组,可以使其正确地被识别为数值类型。请注意,这只是一个示例,你可能需要根据你的具体数据集和需求进行适当的调整和优化。
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