SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出，返回值为 0 (0x0)。 程序“python.exe”已退出，返回值为 4294967295 (0xffffffff)。

时间: 2023-08-17 21:59:03 浏览: 680
这个错误是由于你提供的 SMILES 字符串无法被正确解析所引起的。在给定的 SMILES 字符串中存在一些错误或不受支持的特性，导致 RDKit 无法将其解析为有效的分子对象。 要解决这个问题，你可以尝试以下几个步骤： 1. 检查 SMILES 字符串是否正确：请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误或语法错误。一个简单的错误可能会导致整个 SMILES 字符串无效。 2. 确保 RDKit 已正确安装：请确保你已经正确安装了 RDKit 库，并且能够成功导入 `rdkit` 模块。 3. 尝试使用其他 SMILES 字符串：如果你仍然遇到解析错误，尝试使用其他已知有效的 SMILES 字符串进行测试，以验证 RDKit 是否正常工作。这可以帮助你确定问题是否出现在你提供的 SMILES 字符串上。 如果你仍然无法解决问题，请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息，以便我能够更好地帮助你找到解决方案。
相关问题

SMILES Parse Error: syntax error while parsing:

这个错误通常表示在解析 SMILES 字符串时发生了语法错误。SMILES 字符串应该遵循一定的语法规则，以正确表示化学分子的结构。 以下是一些常见的导致语法错误的情况： 1. 未正确关闭括号：在 SMILES 字符串中，每个打开的括号都需要有相应的闭合括号。如果括号没有正确配对，就会导致语法错误。 2. 原子符号错误：SMILES 中使用原子符号表示化学元素，如 "C" 表示碳，"O" 表示氧等。如果使用了错误的原子符号或者不存在的化学元素，就会导致语法错误。 3. 错误的键连接符：在 SMILES 中，化学键通过不同的符号表示，如 "-" 表示单键，"=" 表示双键，"#" 表示三键等。如果使用了错误的键连接符或者键连接符的数量不正确，就会导致语法错误。 4. 不正确的环表示：在 SMILES 中，可以使用数字来表示环，如 "C1CCCCC1" 表示一个六元环。如果环表示不正确或者环中的原子数量不匹配，就会导致语法错误。 要解决这个错误，你可以检查你的 SMILES 字符串是否符合 SMILES 的语法规则，并根据错误信息来定位和修复语法错误的部分。你也可以尝试使用其他的 SMILES 字符串来测试代码，以确定是否是特定 SMILES 字符串导致了错误。

[13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' for input: 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' [13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: [BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出，返回值为 0 (0x0)。

这些错误信息表明在解析 SMILES 时发生了语法错误。有几个可能的原因导致这些错误： 1. 拼写错误：请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误。即使一个小的拼写错误也会导致整个 SMILES 字符串无效。 2. 不受支持的特性：RDKit 对某些特殊的 SMILES 特性可能不支持，这可能导致解析错误。你可以查阅 RDKit 的文档来了解支持的特性和语法规则。 3. SMILES 字符串格式错误：请确保你的 SMILES 字符串是按照正确的 SMILES 格式编写的。如果格式不正确，RDKit 将无法解析。 建议你检查你提供的 SMILES 字符串是否符合正确的格式，并确保没有任何拼写错误。如果问题仍然存在，请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息，以便我能够更好地帮助你解决问题。
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from rdkit import Chem # 创建反应物 rxn_mol = 'C6H12O6' # 创建SMILES表示 smiles = 'CC=C(C2H3)OC(=O)C(=O)C(=O)C(=O)CC' # 创建SMILES表示 smiles_rxn = SMILES.from_string(smiles) # 创建反应物，并将其打散为液态 rxn_reactants = 'CC=C(=O)CC(=O)C(=O)C' rxn_reactants_mol = ReactantsMolFromSmiles('C6H12O6') rxn_reactants_mol.setReactantsForImage('C6H12O6') rxn_reactants_mol.setProductToImage('C6H12O6') rxn_reactants_mol.setSmarts(smarts) rxn_reactants_mol.create() # 打散反应物，并将其打散为液态。 rxn_reactants.setReactantsForImage('C6H12O6') rxn_reactants.setProductToImage('C6H12O6') rxn_reactants.setSmartsSmarts('H2O') rxn_reactants.create()

smiles = 'CC=C(C2H3)OC(=O)C(=O)C(=O)C(=O)CC' # 创建反应物的SMILES表示 reactant_smiles = 'CC=C(=O)CC(=O)C(=O)C' # 创建反应物的RDKit分子对象 rxn_reactants_mol = Chem.MolFromSmiles(reactant_smiles) # ...

for smiles in smiles_list: mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) mols.append(mol) def fragment_score(mols, fragment_lib): fragments = set() for mol in mols: mol_fragment = Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True) for mol_frag in mol_fragment:优化这段代码

mols = [Chem.MolFromSmiles(smiles) for smiles in smiles_list] 2. 可以使用集合推导式替换双重循环添加元素到集合的操作，可以让代码更简洁： fragments = {mol_frag for mol in mols for mol_frag in ...
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# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetA.csv') # 提取 rxn_smiles 列 rxn_smiles = data['rxn_Smiles'] # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 for smi in rxn_smiles: print(smi) rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.show() else: print("Failed to parse rxn_smiles.")最后要保存成图片要怎么写

print("Failed to parse rxn_smiles.") 在上述代码中，添加了一个enumerate函数来获得循环的索引值，以便在保存文件时为每个反应结构创建唯一的文件名。通过在img.save方法中传递文件名参数，可以将绘制的...

# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetA.csv') # 提取 rxn_smiles 列 rxn_smiles = data['rxn_Smiles'] # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 for smi in rxn_smiles: print(smi) rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.show() img.save(f'structure_{rxn}.png') else: print("Failed to parse rxn_smiles.")

这段代码使用了RDKit库来读取一个CSV文件，并提取其中的rxn_Smiles列。然后，对于每个rxn_smiles字符串，它尝试将其解析为化学反应，并使用Draw.ReactionToImage函数将反应结构绘制为图像。 首先，使用pandas库的...

drugs_to_search = [ {"drug_name": "Viagra"}, {"input_smiles": "C[C@@H]1C[C@H]2[C@@H]3CCC4=CC(=O)C=C[C@]4(C)[C@@]3(F)C@@HC[C@]2(C)[C@@]1(O)C(=O)CO"}, {"pubchem_cid": "5362132"}, {"drug_name": "bla"}] mapped_drugs = rsv.map_drugs(pd.DataFrame(drugs_to_search))解释一下

第二个元素的键为 "input_smiles"，表示药品的 SMILES 表示法；第三个元素的键为 "pubchem_cid"，表示药品的 PubChem ID；第四个元素的键同样为 "drug_name"，表示另一个药品的名称。 pd.DataFrame(drugs_to...

for i, smi in enumerate(smiles_indigoautomapperknime): print(smi) rxn = new_func(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.save(f'D:/3/reaction_{i}.png') else: #当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)

根据你提供的代码，当 new_func(smi) 返回一个有效的反应对象 rxn 时，你希望将其绘制成图像并保存为 PNG 文件。而当 rxn 为 None 时，你想打印一条消息指示解析失败，并将无法解析的 smi 值作为附加信息...

[CH2:1]1[NH:6][CH2:5][CH2:4][O:3][CH2:2]1.[CH3:7][c:8]1[o:31][c:11](-[c:12]2[cH:30][c:29]3[c:15]([o:16][cH:17][c:18]3-[c:19]3[cH:28][c:26]([F:27])[c:22]([C:23](O)=[O:24])[cH:21][cH:20]3)[cH:14][cH:13]2)[n:10][n:9]1>>[CH3:7][c:8]1[o:31][c:11](-[c:12]2[cH:30][c:29]3[c:15]([o:16][cH:17][c:18]3-[c:19]3[cH:28][c:26]([F:27])[c:22]([C:23]([N:6]4[CH2:5][CH2:4][O:3][CH2:2][CH2:1]4)=[O:24])[cH:21][cH:20]3)[cH:14][cH:13]2)[n:10][n:9]1

根据你提供的 SMILES 字符串 [CH2:1]1[NH:6][CH2:5][CH2:4][O:3][CH2:2]1.[CH3:7][c:8]1[o:31][c:11](-[c:12]2[cH:30][c:29]3[c:15]([o:16][cH:17][c:18]3-[c:19]3[cH:28][c:26]([F:27])[c:22]([C:23](O)=[O:24])...

[Br:1][CH2:2][CH2:3]Br.CC#N.CCOC(=O)C.O=C([O-])[O-].[OH:18][c:19]1[c:24]([Br:25])[cH:23][cH:22][cH:21][cH:20]1.[K+].[K+]>>[Br:1][CH2:2][CH2:3][O:18][c:19]1[c:24]([Br:25])[cH:23][cH:22][cH:21][cH:20]1 C1COCC1.C[O:7][C:8]([CH2:10][O:11][c:12]1[cH:37][c:16]([N:17]([CH:21]2[c:36]3[c:24]([cH:25][cH:26][c:27]([cH:35]3)-[c:28]3[cH:34][c:32]([F:33])[cH:31][cH:30][cH:29]3)[CH2:23][CH2:22]2)[C:18](=[O:20])[CH3:19])[cH:15][cH:14][cH:13]1)=[O:9].[Li+].[OH-]>>[CH3:19][C:18]([N:17]([CH:21]1[c:36]2[c:24]([cH:25][cH:26][c:27]([cH:35]2)-[c:28]2[cH:34][c:32]([F:33])[cH:31][cH:30][cH:29]2)[CH2:23][CH2:22]1)[c:16]1[cH:37][c:12]([O:11][CH2:10][C:8]([OH:7])=[O:9])[cH:13][cH:14][cH:15]1)=[O:20] C=[C:2]([C@H:4]1[C@H:40]2[C@](C[CH2:11][C@:12]3([C@@:38]4([CH3:39])[C@@H:17]([C@@:18]5([C@@H:35]([CH2:36][CH2:37]4)[C:32]([CH3:34])([CH3:33])[C:22]([c:23]4[cH:31]cc(C(O)=O)[cH:25][cH:24]4)=[CH:21][CH2:20]5)[CH3:19])[CH2:16][CH2:15][C@@H:14]32)[CH3:13])(CO)CC1)[CH3:3].CC[O:43][C:44](=[O:46])[CH3:45].[CH3:47][OH:48].[Pd]>>[CH3:11][CH:12]([C@H:14]1[C@H:40]2[C@:4](C[CH2:11][C@:12]3([C@@:38]4([CH3:39])[C@@H:17]([C@@:18]5([C@@H:35]([CH2:36][CH2:37]4)[C:32]([CH3:34])([CH3:33])[C:22]([c:23]4[cH:24][cH:25][c:45]([C:44]([OH:43])=[O:46])c[cH:31]4)=[CH:21][CH2:20]5)[CH3:19])[CH2:16][CH2:15][C@@H:14]32)[CH3:13])([CH2:47][OH:48])[CH2:2][CH2:3]1)[CH3:13] [21:34:21] **** Invariant Violation could not find probe element Violation occurred on line 71 in file C:\rdkit\build\temp.win-amd64-cpython-310\Release\rdkit\Code\RDGeneral/utils.h Failed Expression: foundIt **** Invariant Violation could not find probe element Violation occurred on line 71 in file Code\RDGeneral/utils.h Failed Expression: foundIt RDKIT: 2023.03.2 BOOST: 1_78 堆栈跟踪: > File "C:\Users\nerwork\source\repos\Print Structural\Print_Structural.py", line 67, in new_func > File "C:\Users\nerwork\source\repos\Print Structural\Print_Structural.py", line 77, in <module> (Current frame) 已加载“__main__” 已加载“runpy” 程序“python.exe”已退出，返回值为 4294967295 (0xffffffff)。

根据你提供的错误信息，Invariant Violation could not find probe element，这是由于在处理某个 SMILES 字符串时出现了问题。具体来说，错误信息指示 RDKit 无法找到某个原子元素。 这可能是由于以下原因之一...

系统找不到指定的路径。 Traceback (most recent call last): File "C:\fenzi\reinvent-randomized-master\create_randomized_smiles.py", line 56, in <module> SPARK, SC = us.SparkSessionSingleton.get("create_randomized_smiles") File "C:\fenzi\reinvent-randomized-master\utils\spark.py", line 27, in get session = session.getOrCreate() File "C:\Users\user\.conda\envs\reinvent-randomized\lib\site-packages\pyspark\sql\session.py", line 228, in getOrCreate sc = SparkContext.getOrCreate(sparkConf) File "C:\Users\user\.conda\envs\reinvent-randomized\lib\site-packages\pyspark\context.py", line 384, in getOrCreate SparkContext(conf=conf or SparkConf()) File "C:\Users\user\.conda\envs\reinvent-randomized\lib\site-packages\pyspark\context.py", line 144, in __init__ SparkContext._ensure_initialized(self, gateway=gateway, conf=conf) File "C:\Users\user\.conda\envs\reinvent-randomized\lib\site-packages\pyspark\context.py", line 331, in _ensure_initialized SparkContext._gateway = gateway or launch_gateway(conf) File "C:\Users\user\.conda\envs\reinvent-randomized\lib\site-packages\pyspark\java_gateway.py", line 105, in launch_gateway time.sleep(0.1) KeyboardInterrupt

看起来你在使用 create_randomized_smiles.py 文件运行程序时出现了错误。错误提示显示系统找不到指定的路径。这可能是由于你的文件路径设置不正确所致。你可以检查一下代码中指定的路径是否正确，或者确认你是否有...

for i, row in enumerate(rows[42160:]): smi = row[8] # 假设 SMILES 数据在第一列 print(smi) rxn = new_func(smi) if rxn is not None: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.save(f'D:/4/reaction_{i}.png') else: print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)

根据你提供的代码，你正在尝试处理一个包含多个反应 SMILES 的数据集。你循环遍历数据集的每一行，并将每个反应 SMILES 字符串传递给 new_func 函数进行解析和处理。 然后，你使用 Draw.ReactionToImage 函数将...

# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd import os import csv # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetB.csv') # 提取 rxn_smiles 列 # 获取每一列的数据 smiles_mapping_namerxn = data['rxnSmiles_Mapping_NameRxn'] smiles_mapping_indigotk = data['rxnSmiles_Mapping_IndigoTK'] smiles_indigoautomapperknime = data['rxnSmiles_IndigoAutoMapperKNIME'] # 创建目录 os.makedirs('D:/1/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/2/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/3/', exist_ok=True) # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_namerxn): # print(smi) # rxn = chem.allchem.reactionfromsmarts(smi) # if rxn is not none: # # 绘制反应结构 # img = draw.reactiontoimage(rxn) # img.show() # img.save(f'd:/1/reaction_{i}.png') # else: # #当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("failed to parse rxn_smiles.", smi) #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_indigotk): # print(smi) # rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) # if rxn is not None: # 绘制反应结构 # img = Draw.ReactionToImage(rxn) # img.save(f'D:/2/reaction_{i}.png') # else: # 当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("Failed to parse rxn_smiles.", smi) def new_func(smi): rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) return rxn #for i, smi in enumerate(smiles_indigoautomapperknime): # print(smi) # rxn = new_func(smi) # if rxn is not None: with open('your_file.csv', 'r') as file: reader = csv.reader(file) rows = list(reader) for row in rows[42154:]: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.save(f'D:/3/reaction_{i}.png') lines=lines+1 else: #当无法解析rxn_smiles时，使用print语句打印出相应的消息，并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)什么地方错了。、

print("Failed to parse rxn_smiles.", smi) 请根据实际情况修改代码中的文件路径和数据列索引，以满足你的需求。另外，请确保相关的库已经正确安装。如果还有其他问题，请提供具体的错误信息，以便我可以更好...

我基于“AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect”得到的分子指纹结果，如SMILES为OC(=O)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)F，得到的分子指纹是<rdkit.DataStructs.cDataStructs.ExplicitBitVect object at 0x000001F23787FCF0>，这属于分类变量还是数值呢，我将这个结果放到数据集中建立XGB模型，结果显示分子指纹这一列为object而非数值，请问是哪里出错了吗

for smiles in data['SMILES']: mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) fp = rdFingerprintGenerator.GetCountFPs([mol])[0] fps.append(fp.ToBitString()) # 将分子指纹转换为数值数组 fps_array = np.array([list...

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