SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出,返回值为 0 (0x0)。 程序“python.exe”已退出,返回值为 4294967295 (0xffffffff)。

时间: 2023-08-17 16:59:03 浏览: 304
这个错误是由于你提供的 SMILES 字符串无法被正确解析所引起的。在给定的 SMILES 字符串中存在一些错误或不受支持的特性,导致 RDKit 无法将其解析为有效的分子对象。 要解决这个问题,你可以尝试以下几个步骤: 1. 检查 SMILES 字符串是否正确:请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误或语法错误。一个简单的错误可能会导致整个 SMILES 字符串无效。 2. 确保 RDKit 已正确安装:请确保你已经正确安装了 RDKit 库,并且能够成功导入 `rdkit` 模块。 3. 尝试使用其他 SMILES 字符串:如果你仍然遇到解析错误,尝试使用其他已知有效的 SMILES 字符串进行测试,以验证 RDKit 是否正常工作。这可以帮助你确定问题是否出现在你提供的 SMILES 字符串上。 如果你仍然无法解决问题,请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息,以便我能够更好地帮助你找到解决方案。
相关问题

SMILES Parse Error: syntax error while parsing:

这个错误通常表示在解析 SMILES 字符串时发生了语法错误。SMILES 字符串应该遵循一定的语法规则,以正确表示化学分子的结构。 以下是一些常见的导致语法错误的情况: 1. 未正确关闭括号:在 SMILES 字符串中,每个打开的括号都需要有相应的闭合括号。如果括号没有正确配对,就会导致语法错误。 2. 原子符号错误:SMILES 中使用原子符号表示化学元素,如 "C" 表示碳,"O" 表示氧等。如果使用了错误的原子符号或者不存在的化学元素,就会导致语法错误。 3. 错误的键连接符:在 SMILES 中,化学键通过不同的符号表示,如 "-" 表示单键,"=" 表示双键,"#" 表示三键等。如果使用了错误的键连接符或者键连接符的数量不正确,就会导致语法错误。 4. 不正确的环表示:在 SMILES 中,可以使用数字来表示环,如 "C1CCCCC1" 表示一个六元环。如果环表示不正确或者环中的原子数量不匹配,就会导致语法错误。 要解决这个错误,你可以检查你的 SMILES 字符串是否符合 SMILES 的语法规则,并根据错误信息来定位和修复语法错误的部分。你也可以尝试使用其他的 SMILES 字符串来测试代码,以确定是否是特定 SMILES 字符串导致了错误。

[13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' for input: 'CCN(CC)CC.CCOC(=O)C.CCOC(=O)C.[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[cH:11][c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3.C1CCOC1.C1CC(=O)N(C1=O)[I:27].C(=O)(O)[O-].[Na+]>>[CH3:1][C:2](=[O:3])[O:4][CH2:5][CH2:6][n:7]1[c:26]2[c:20]([c:21]([n:23][cH:24][n:25]2)[NH2:22])[n:19][c:8]1[S:9][c:10]3[c:11]([c:12]4[cH:13][cH:14][cH:15][cH:16][c:17]4[nH:18]3)[I:27]' [13:42:54] SMILES Parse Error: syntax error while parsing: [BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1] [13:42:54] SMILES Parse Error: Failed parsing SMILES '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' for input: '[BH-](OC(=O)C)(OC(=O)C)OC(=O)C.CO.[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH:2]=[O:1].C1CCOC1.C(C(F)(F)F)NCC(F)(F)F.C(Cl)Cl.C(Cl)(Cl)Cl.C(=O)(O)[O-].[Na+].[Na+]>>[cH:11]1[cH:10][c:9]2[c:14]([n:13][cH:12]1)[s:15][c:7]([n:8]2)[NH:6][c:5]3[cH:4][c:3]([n:26][c:17]([n:16]3)[NH:18][C@H:19]4[CH2:20][CH2:21][C@@H:22]([CH2:24][CH2:25]4)[OH:23])[CH2:2][OH:1]' 线程 'MainThread' (0x1) 已退出,返回值为 0 (0x0)。

这些错误信息表明在解析 SMILES 时发生了语法错误。有几个可能的原因导致这些错误: 1. 拼写错误:请确保你的 SMILES 字符串没有任何拼写错误。即使一个小的拼写错误也会导致整个 SMILES 字符串无效。 2. 不受支持的特性:RDKit 对某些特殊的 SMILES 特性可能不支持,这可能导致解析错误。你可以查阅 RDKit 的文档来了解支持的特性和语法规则。 3. SMILES 字符串格式错误:请确保你的 SMILES 字符串是按照正确的 SMILES 格式编写的。如果格式不正确,RDKit 将无法解析。 建议你检查你提供的 SMILES 字符串是否符合正确的格式,并确保没有任何拼写错误。如果问题仍然存在,请提供更多关于你的 SMILES 字符串的信息,以便我能够更好地帮助你解决问题。

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