请用其他方法替代from rdkit.Chem import rdMolStandardize
时间: 2023-10-11 22:11:08 浏览: 31
你可以使用以下代码将rdkit.Chem模块中的rdMolStandardize函数进行替代:
import rdkit
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import rdFMCS
mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)OCC1OC(O)C(O)C(O)C1O')
AllChem.EmbedMolecule(mol)
AllChem.UFFOptimizeMolecule(mol)
mcsp = rdFMCS.FindMCS([mol])
core = Chem.MolFromSmarts(mcsp.smartsString)
print(Chem.MolToSmiles(core))
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from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd
import pandas as pd
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import AllChem
# 读取数据文件
data = pd.read_csv('input.csv')
# 获取rxn_smiles列的数据
rxn_smiles = data['rxn_smiles']
# 遍历每个 rxn_smiles 字符串并保存图片
for i, smi in enumerate(rxn_smiles):
print(smi)
rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi)
if rxn is not None:
# 绘制反应结构
img = Draw.ReactionToImage(rxn)
img.show()
img.save(f'reaction_{i}.png')
else:
print("Failed to parse rxn_smiles:", smi)
import numpy as np import pandas as pd import seaborn as sns import matplotlib.pyplot as plt import sklearn from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import Descriptors data = pd.read_csv('C:\\Users\\86157\\Desktop\\Course\\AI\\ERα_activity.csv') sns.countplot(data=data , x= 'pIC51',orient='v') plt.ylabel('pIC51') plt.xlabel('Count of values') plt.show()
这是一个Python代码片段,用于读取名为'ERα_activity.csv'的数据文件,并使用seaborn和matplotlib库绘制pIC51值的计数直方图。具体来说,代码使用pandas库的read_csv函数从文件路径'C:\\Users\\86157\\Desktop\\Course\\AI\\ERα_activity.csv'读取数据文件,然后使用seaborn库的countplot函数绘制pIC51值的计数直方图,并使用matplotlib库进行图表美化和标注。最终,代码使用plt.show()函数将绘制的图表显示出来。