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请用其他方法替代from rdkit.Chem import rdMolStandardize

时间: 2023-10-11 12:11:08 浏览: 104

利用rdkit将smiles转化为原子坐标键数据，并用正则表达式将数据提取

from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # from rdkit.Chem import Draw import re # 读取 SMILES 字符串 smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O" # smiles = "C1=CC=CC=C1" mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) mol3d = Chem.AddHs(mol)#加氢2/3 statis = Chem.MolToMolBlock(mol3d) print(statis) print(type(statis)) a = re.findall(r'(-?\d.\d+)\s+(-?\d.\d+)\s+(-?\d.\d+)\s(\w)\s+', statis) # b = re.findall(r'([^0\n a-zA-Z]+)\s+([^\n a-zA-Z]+)\s+([^0\n a-zA-Z]+)\s+\d+\s+', statis) b = re.findall(r'([1-9][0-9^.

你可以使用以下代码将rdkit.Chem模块中的rdMolStandardize函数进行替代： import rdkit from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem from rdkit.Chem import rdFMCS mol = Chem.MolFromSmiles('CC(=O)OCC1OC(O)C(O)C(O)C1O') AllChem.EmbedMolecule(mol) AllChem.UFFOptimizeMolecule(mol) mcsp = rdFMCS.FindMCS([mol]) core = Chem.MolFromSmarts(mcsp.smartsString) print(Chem.MolToSmiles(core))

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