excel中读取smiles

如果你的Excel文件中的SMILES字符串都在同一个单元格中，那么你可以使用Python中的pandas库来读取Excel文件，并使用RDKit库将SMILES字符串转换为分子对象。以下是一个示例代码：

import pandas as pd
from rdkit import Chem

# 读取Excel文件
df = pd.read_excel('your_excel_file.xlsx')

# 读取SMILES字符串
smiles_list = df['SMILES'].tolist()

# 将SMILES字符串转换为分子对象
mols = []
for smiles in smiles_list:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    mols.append(mol)

如果SMILES字符串分布在多个单元格中，你可以使用pandas库的read_excel函数中的参数来指定读取哪些单元格。例如，假设你的SMILES字符串在第一列和第二列中，你可以这样读取：

df = pd.read_excel('your_excel_file.xlsx', usecols=[0, 1])
smiles_list = []
for index, row in df.iterrows():
    smiles = row[0] + row[1]  # 假设SMILES跨越了第一列和第二列
    smiles_list.append(smiles)
mols = []
for smiles in smiles_list:
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    mols.append(mol)

在这个例子中，我们使用了pandas库的iterrows函数来遍历每一行，并将两列中的SMILES字符串合并为一个字符串。然后，我们将这些SMILES字符串转换为分子对象。