rdkit中的smiles如何转成使用的mol文件坐标
时间: 2024-01-01 09:02:19 浏览: 31
在RDKit中,可以使用Chem模块中的MolFromSmiles函数将SMILES转换为Mol对象。然后,可以使用AllChem模块中的Generate3DCoordinates函数为Mol对象生成3D坐标。示例代码如下:
```
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 将SMILES转换为Mol对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 为Mol对象生成3D坐标
AllChem.Compute2DCoords(mol)
AllChem.EmbedMolecule(mol)
# 将3D坐标写入mol文件
with open('output.mol', 'w') as f:
f.write(Chem.MolToMolBlock(mol))
```
在这个示例中,我们使用MolFromSmiles函数将SMILES字符串'CCO'转换为Mol对象,然后使用Compute2DCoords函数为Mol对象生成2D坐标,最后使用EmbedMolecule函数为Mol对象生成3D坐标。最后,使用MolToMolBlock函数将Mol对象的3D坐标写入mol文件中。
通过上述步骤,可以方便地将RDKit中的SMILES转换为包含3D坐标的mol文件。
相关问题
怎么把rdkit mol对象转换成smiles
可以使用rdkit内置的MolToSmiles函数将rdkit的mol对象转换为SMILES字符串。
示例代码:
```python
from rdkit import Chem
# 创建一个rdkit的mol对象
mol = Chem.MolFromSmiles('c1ccccc1')
# 将mol对象转换为SMILES字符串
smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
print(smiles)
```
输出结果:
```
c1ccccc1
```
注意:如果mol对象包含手性信息,需要设置isomericSmiles参数为True,才能正确地转换为SMILES字符串。例如:
```python
# 创建一个包含手性信息的mol对象
mol = Chem.MolFromSmiles('C[C@@H](Cl)Br')
# 将mol对象转换为SMILES字符串(包含手性信息)
smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True)
print(smiles)
```
输出结果:
```
[C@H](Cl)CBr
```
请帮我写python代码实现:遍历一个文件里的每一行,读取列名为SMILES的列,不管这一行里面列名为Canonical_SMILES的位置是否为空,都用rdkit来将SMILES转换成Canonical_SMILES,并写入原文件,同理;不管这一行里面列名为Isomeric_SMILES的位置是否为空,都用rdkit来将SMILES转换成Isomeric_SMILES,并写入原文件
下面是一段Python代码实现您的需求:
```python
from rdkit import Chem
import pandas as pd
# 读取文件
data = pd.read_csv('your_file.csv')
# 遍历每一行
for index, row in data.iterrows():
# 读取SMILES列的值
smiles = row['SMILES']
# 转换为Canonical_SMILES
if not pd.isnull(smiles):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
canonical_smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=False)
data.at[index, 'Canonical_SMILES'] = canonical_smiles
# 转换为Isomeric_SMILES
if not pd.isnull(smiles):
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
isomeric_smiles = Chem.MolToSmiles(mol, isomericSmiles=True)
data.at[index, 'Isomeric_SMILES'] = isomeric_smiles
# 将结果写回原文件
data.to_csv('your_file.csv', index=False)
```
请注意,上述代码假设您的文件是一个CSV文件,并且使用pandas库来读取和写入数据。您需要将代码中的'your_file.csv'替换为您实际的文件路径。
在代码中,我们使用rdkit库中的Chem模块来进行SMILES转换。对于每一行,我们首先检查SMILES列是否为空,然后使用rdkit将其转换为Canonical_SMILES和Isomeric_SMILES。最后,我们将结果写回原文件。
希望这能满足您的需求!如果您有更多问题,请随时提问。