给出将SMILES转成包含化学键信息的邻接矩阵的代码

以下是将SMILES字符串转换为邻接矩阵的Python代码。这里使用了rdkit库。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import rdmolops
import numpy as np

def smiles_to_adjacency_matrix(smiles):
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    # 添加显式氢原子
    mol = Chem.AddHs(mol)
    # 获取邻接矩阵
    adj = rdmolops.GetAdjacencyMatrix(mol)
    # 获取原子特征
    features = [atom.GetAtomicNum() for atom in mol.GetAtoms()]
    # 获取边特征
    bond_features = [bond.GetBondTypeAsDouble() for bond in mol.GetBonds()]
    # 将边特征添加到邻接矩阵中
    np.fill_diagonal(adj, 1)
    adj = adj + np.diag(bond_features)
    return adj, features

这个函数将SMILES字符串作为输入，并返回邻接矩阵和原子特征。如果需要，还可以添加其他特征。

相关问题

将smiles转换成isomeric smiles

Sure, I can help you with that! Converting SMILES to isomeric SMILES involves detecting and encoding stereochemistry information. There are a number of libraries and tools available for this task, including the RDKit and Open Babel. If you provide me with the SMILES string that you want to convert, I can assist you further.

如何python把SMILES转换成化学式的格式

在Python中，将SMILES（Simplified Molecular Input Line Entry System）字符串转换为化学式通常需要借助于化学库，如RDKit（RDKIT Chemoinformatics Toolkit）。以下是一个简单的步骤：

1. 安装必要的库：首先安装`rdkit`库，如果你还没有安装，可以使用pip来安装：

   pip install rdkit

2. 导入所需的模块：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

3. 将SMILES字符串转化为Mol对象（分子结构）：

def smiles_to_mol(smiles):
    mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
    if mol is None:
        print(f"Invalid SMILES: {smiles}")
        return None
    else:
        return mol

4. 使用SMARTS（Structural Query Language for Chemistry）进一步处理，如果需要提取特定的部分或清洗数据：

def process_mol(mol):
    # 这里可以根据需要应用SMARTS表达式
    processed_mol = Chem.MolFromSmarts(pattern)
    if processed_mol is not None:
        return processed_mol
    else:
        return mol

# 示例
smiles_str = "C1=CC=CN=C1"
mol = smiles_to_mol(smiles_str)
processed_mol = process_mol(mol)

5. 转化为InChI字符串，这已经是化学式的标准格式：

inchi = Chem.MolToInchi(processed_mol)
print(f"InChI: {inchi}")

请注意，这个过程可能会因为输入的SMILES无效、错误或过于复杂而失败。