smiles 转sdf
时间: 2023-09-09 19:10:57 浏览: 111
smiles
将SMILES转换为SDF需要使用化学信息软件,如RDKit或OpenBabel。以下是使用RDKit Python库将SMILES字符串转换为SDF文件的示例代码:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
smiles = "CCOc1ccc(cc1)C(=O)NCC(=O)Nc2ccc(c(c2)OC)N(C)C"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
AllChem.Compute2DCoords(mol)
w = Chem.SDWriter('output.sdf')
w.write(mol)
w.close()
```
此代码将SMILES字符串转换为RDKit的Mol对象,使用Compute2DCoords函数计算分子的2D坐标,然后将Mol对象写入SDF文件中。
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