输入一个EXCEL表格,根据SMILES爬取Pubchem化合物中文名称和CAS号
时间: 2024-09-29 22:07:28 浏览: 50
Excel表格中如果包含了化合物的SMILES结构,你可以利用Python的化学库如`rdkit`或者`openbabel`以及数据抓取工具(例如`pubchempy`),通过SMILES字符串查询PubChem数据库来获取对应的中文名称和CAS号。以下是一个简单的步骤概述:
1. **安装必要的库**:
首先,需要安装`pandas`, `pubchempy`, 和 `openbabel` 或 `rdkit`。在命令行中运行:
```
pip install pandas pubchempy openbabel rdkit
```
2. **读取Excel文件**:
使用`pandas`加载Excel文件:
```python
import pandas as pd
df = pd.read_excel('your_file.xlsx')
smiles_column = 'SMILES_column_name' # 替换为实际的列名
df_smiles = df[df[smiles_column].notna()] # 筛选出有SMILES信息的行
```
3. **解析SMILES并获取信息**:
```python
from pubchempy import get_compounds, Compound
def fetch_info(smiles):
compound = Compound(smiles)
return {'name': compound.iupac_name, 'cas': str(compound.cas_rn)}
results = df_smiles['SMILES_column_name'].apply(fetch_info)
results_df = pd.DataFrame(results).explode().reset_index(drop=True)
```
这里会返回一个新的DataFrame,其中每一行对应一个SMILES的化合物,包含中文名称和CAS号。
4. **保存结果**:
将查询结果导回新的Excel文件或直接打印到控制台:
```python
results_df.to_excel('results_with_names_and_cas.xlsx', index=False)
```
**相关问题--:**
1. 如果某些SMILES无法找到匹配,会有何处理方式?
2. 如何优化这个过程以提高效率,特别是对于大规模数据?
3. 在爬取过程中,如何处理可能存在的隐私和版权问题?
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