已知化合物的smiles结构和分子量,可以用python来获取它的脂水分配系数吗
时间: 2024-05-09 20:20:23 浏览: 264
Image2Smiles:给定一个分子的图像,会产生微笑或摩尔表达
可以使用一些Python库来计算分子的脂水分配系数,如rdkit和openbabel。
使用rdkit库:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Crippen
# 输入smiles结构
smiles = 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'
# 从smiles生成分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 计算Crippen的logP
logp = Crippen.MolLogP(mol)
print('logP:', logp)
```
使用openbabel库:
```python
import pybel
# 输入smiles结构
smiles = 'CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(=O)O'
# 从smiles生成分子对象
mol = pybel.readstring("smi", smiles)
# 计算logP
logp = mol.calcdesc(['logP'])[0]
print('logP:', logp)
```
需要注意的是,这些计算方法是基于一些经验规则和模型计算的,并不保证完全准确。此外,脂水分配系数的计算结果还会受到一些其他因素的影响,如温度、pH值等。
阅读全文