由CAS得到smiles式
时间: 2023-08-25 10:05:21 浏览: 126
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- *1* *2* *3* [SMILES, a Chemical Language and Information System.【SMILES, 一种化学语言和信息系统。】](https://blog.csdn.net/weixin_45928096/article/details/124474516)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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相关问题
根据SMILES爬取Pubchem化合物中文名称和CAS号
SMILES是一种化学结构的简洁文本描述,用于表示有机化合物的分子结构。如果你想通过SMILES从PubChem数据库获取化合物的中文名称和CAS号,你需要编写一些脚本或者利用API来进行数据抓取。 PubChem有一个REST API,你可以发送查询请求,指定SMILES字符串作为搜索条件。
例如,你可以使用Python的`requests`库结合`pubchempy`模块,来实现这个功能:
```python
from pubchempy import get_compounds, Compound
import requests
def fetch_data(smiles):
compound = Compound(smiles)
cid = compound.cid
try:
name = compound.iupac_name
except AttributeError:
name = "Not Available"
cas_number = compound.cas_rn
if cas_number is None:
cas_number = "Not Available"
return {"name": name, "cas_number": cas_number}
# 使用SMILES替换 'your_smiles_string'
smiles_data = fetch_data('your_smiles_string')
```
注意:直接使用这种方法可能需要处理网络请求限制以及可能遇到的API不稳定情况。另外,某些SMILES可能无法唯一地对应一个化合物,或者化合物信息缺失。
python分子式转smiles
在Python中,可以使用一些化学库,比如`rdkit`(一种基于OpenBabel的Python接口)或`chemspipy`,来进行分子式(InChI或SMILES字符串)之间的转换。下面是使用`rdkit`的一个简单示例:
```python
from rdkit import Chem
def formula_to_smiles(formula):
mol = Chem.MolFromFormula(formula)
if mol is not None:
smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
return smiles
else:
print(f"无法解析分子式 {formula}")
return None
# 使用示例
chemical_formula = "C6H12O6" # 葡萄糖的分子式
smiles = formula_to_smiles(chemical_formula)
print(smiles) # 输出对应的SMILES字符串
```
这段代码首先创建了一个化学分子对象(Mol)根据给定的分子式,然后使用`MolToSmiles`函数将其转换为SMILES字符串。如果输入的公式无效,会返回`None`并打印错误消息。
注意,`rdkit`需要安装,并且可能对某些复杂的分子公式处理得不够完美,尤其是在处理有机化学以外的领域。
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