smiles = data['SMILES']

时间: 2023-10-08 14:05:19 浏览: 41
这行代码看起来是从名为 `data` 的数据结构中获取名为 `SMILES` 的键对应的值,并将其赋给变量 `smiles`。 这段代码可能是在处理化学数据时使用的。SMILES(简化分子输入线性表示法)是一种用于表示化学分子结构的字符串表示方法。通过使用 SMILES 表示法,可以将化学结构转换为文本格式进行存储、处理和分析。 请注意,以上只是对代码的简单解释。要完全理解代码的含义,还需要查看代码的上下文以及相关变量和数据的定义。
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smiles = data['rxn_Smiles']

这行代码是在从名为 `data` 的数据结构中获取名为 `rxn_Smiles` 的键对应的值,并将其赋给变量 `smiles`。 与之前提到的 `SMILES` 相似,`rxn_Smiles` 可能是用于表示化学反应的字符串表示方法。它是一种用于描述化学反应中物质的结构变化的线性表示法。 需要注意的是,以上只是对代码的简单解释。要完全理解代码的含义,还需要查看代码的上下文以及相关变量和数据的定义。

# 转换SMILES为分子指纹 smiles = data['SMILES'] fps = [] for smi in smiles: mol = Chem.MolFromSmiles(smi) fp = rdFingerprintGenerator.GetCountFPs([mol])[0] fps.append(fp.ToBitString())

你可以使用RDKit库来将SMILES转换为分子指纹。以下是一个示例代码: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import rdFingerprintGenerator smiles = data['SMILES'] fps = [] for smi in smiles: mol = Chem.MolFromSmiles(smi) fp = rdFingerprintGenerator.GetCountFPs([mol])[0] fps.append(fp.ToBitString()) ``` 在这个代码中,你首先从RDKit库中导入所需的模块,然后创建一个空的列表`fps`来存储分子指纹。接下来,你遍历每个SMILES字符串,使用`Chem.MolFromSmiles()`函数将其转换为RDKit的分子对象。然后,使用`rdFingerprintGenerator.GetCountFPs()`函数计算分子的指纹,并将其添加到`fps`列表中。最后,你可以使用`fp.ToBitString()`将指纹转换为字符串形式并存储在`fps`列表中。 请注意,这只是一个示例代码,你可能需要根据自己的需求进行适当的修改。

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# coding=utf-8 #加载化学库 from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem import AllChem import pandas as pd import os import csv # 读取 CSV 文件 data = pd.read_csv('dataSetB.csv') # 提取 rxn_smiles 列 # 获取每一列的数据 smiles_mapping_namerxn = data['rxnSmiles_Mapping_NameRxn'] smiles_mapping_indigotk = data['rxnSmiles_Mapping_IndigoTK'] smiles_indigoautomapperknime = data['rxnSmiles_IndigoAutoMapperKNIME'] # 创建目录 os.makedirs('D:/1/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/2/', exist_ok=True) os.makedirs('D:/3/', exist_ok=True) # 遍历每个 rxn_smiles 字符串并打印 #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_namerxn): # print(smi) # rxn = chem.allchem.reactionfromsmarts(smi) # if rxn is not none: # # 绘制反应结构 # img = draw.reactiontoimage(rxn) # img.show() # img.save(f'd:/1/reaction_{i}.png') # else: # #当无法解析rxn_smiles时,使用print语句打印出相应的消息,并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("failed to parse rxn_smiles.", smi) #for i, smi in enumerate(smiles_mapping_indigotk): # print(smi) # rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) # if rxn is not None: # 绘制反应结构 # img = Draw.ReactionToImage(rxn) # img.save(f'D:/2/reaction_{i}.png') # else: # 当无法解析rxn_smiles时,使用print语句打印出相应的消息,并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 # print("Failed to parse rxn_smiles.", smi) def new_func(smi): rxn = Chem.AllChem.ReactionFromSmarts(smi) return rxn #for i, smi in enumerate(smiles_indigoautomapperknime): # print(smi) # rxn = new_func(smi) # if rxn is not None: with open('your_file.csv', 'r') as file: reader = csv.reader(file) rows = list(reader) for row in rows[42154:]: # 绘制反应结构 img = Draw.ReactionToImage(rxn) img.save(f'D:/3/reaction_{i}.png') lines=lines+1 else: #当无法解析rxn_smiles时,使用print语句打印出相应的消息,并将无法解析的smi值作为附加信息一起打印。 print("Failed to parse rxn_smiles.", smi)什么地方错了。、

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