python怎么把sdf文件中的分子切割成子结构
时间: 2024-04-29 10:23:52 浏览: 170
sdf:Python中简单的SDF网格生成
要将SDF文件中的分子切割成子结构,可以使用RDKit库。以下是一个示例代码,可以将SDF文件中的每个分子切割成子结构并保存到一个新的SDF文件中:
```python
from rdkit import Chem
# 读入SDF文件
suppl = Chem.SDMolSupplier('input.sdf')
# 新建SDF文件
w = Chem.SDWriter('output.sdf')
# 对每个分子进行处理
for mol in suppl:
# 获取分子中所有的子结构
sub_mols = Chem.GetMolFrags(mol, asMols=True)
# 对每个子结构进行处理
for sub_mol in sub_mols:
# 将子结构添加到新的SDF文件中
w.write(sub_mol)
# 关闭SDF文件
w.close()
```
在上面的代码中,我们先使用`Chem.SDMolSupplier`函数读入SDF文件。然后,对于每个分子,我们使用`Chem.GetMolFrags`函数获取所有的子结构。最后,对于每个子结构,我们将其添加到新的SDF文件中,并使用`Chem.SDWriter`函数将其保存到文件中。
阅读全文