怎么构建De Bruijn图
时间: 2024-01-06 08:06:04 浏览: 106
bcalm:低内存中的压缩de Bruijn图构造
要构建De Bruijn图,需要按照以下步骤进行:
1. 从DNA序列中提取kmer,kmer是指DNA序列中长度为k的子串。
2. 把kmer按照字典序排序。
3. 对于每一个kmer,取它的前k-1个字符作为起始节点,取它的后k-1个字符作为终止节点,构建一条有向边。
4. 对于相同的kmer,只需要构建一条边,并在边的权重上加1。
5. 对于De Bruijn图中存在的欧拉路径,就是DNA序列的重叠区域,把这些kmer拼接起来,就得到了原始的DNA序列。
以上就是构建De Bruijn图的基本步骤。
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