cat /public2/work/Project/shuidao/01.BWA/bam/mapfile.16 |while read i; do grep -v $i mapfile3 >>mapfile16.new;done

这是一个在命令行环境下执行的shell脚本命令，它的作用是将文件mapfile.16中的每一行（以换行符为分隔符）作为参数i传给while循环，然后在mapfile3中找到不包含i的行并将其追加写入到mapfile16.new中。相较于之前的命令，这个命令使用了追加写入的方式，可以保留每次循环的结果，最终生成的mapfile16.new包含了所有的不包含mapfile.16中行的内容。