python代码 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性

时间: 2024-03-26 22:40:11 浏览: 155
下面是Python代码实现: ```python import pandas as pd import numpy as np from sklearn.model_selection import train_test_split from sklearn.ensemble import RandomForestRegressor # 读取数据 df_desc = pd.read_excel("Molecular_Descriptor.xlsx") df_act = pd.read_excel("ERα_activity.xlsx") df = pd.merge(df_desc, df_act, on='Molecule_ID') # 数据清洗 df = df.dropna() # 数据分割 X = df.iloc[:, 1:-1] y = df.iloc[:, -1] X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size=0.3, random_state=0) # 随机森林模型训练 rf = RandomForestRegressor(n_estimators=1000, random_state=0) rf.fit(X_train, y_train) # 特征选择 importance = rf.feature_importances_ indices = np.argsort(importance)[::-1] top20_indices = indices[:20] top20_desc = X.columns[top20_indices] print("前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符为:") print(top20_desc) ``` 上述代码首先将“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”两个文件读入,并将它们合并为一个数据集。接着,对于缺失值进行了删除处理。然后,将数据集按照7:3的比例分为训练集和测试集。接着,使用随机森林模型对数据进行训练,并得出各个特征的重要性指标。最后,根据特征重要性指标对特征进行排序,并选择前20个重要性最高的特征。 这个特征选择方法的合理性在于,随机森林是一种基于决策树的集成学习方法,它可以有效地处理高维数据,并且具有很好的鲁棒性和稳定性。采用基于随机森林的特征选择方法,可以评估每个特征对于生物活性的影响,并筛选出最具有显著影响的分子描述符,为后续的药物研发提供重要的参考依据。
阅读全文

相关推荐

python问题1. 根据文件“Molecular_Descriptor.xlsx”和“ERα_activity.xlsx”提供的数据,针对1974个化合物的729个分子描述符进行变量选择,根据变量对生物活性影响的重要性进行排序,并给出前20个对生物活性最具有显著影响的分子描述符(即变量),并请详细说明分子描述符筛选过程及其合理性。 问题2. 请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。 问题4(选做). 寻找并阐述化合物的哪些分子描述符,以及这些分子描述符在什么取值或者处于什么取值范围时,能够使化合物对抑制ERα具有更好的生物活性,同时具有更好的ADMET性质(给定的五个ADMET性质中,至少三个性质较好)。

pdf
智慧工地,作为现代建筑施工管理的创新模式,以“智慧工地云平台”为核心,整合施工现场的“人机料法环”关键要素,实现了业务系统的协同共享,为施工企业提供了标准化、精益化的工程管理方案,同时也为政府监管提供了数据分析及决策支持。这一解决方案依托云网一体化产品及物联网资源,通过集成公司业务优势,面向政府监管部门和建筑施工企业,自主研发并整合加载了多种工地行业应用。这些应用不仅全面连接了施工现场的人员、机械、车辆和物料,实现了数据的智能采集、定位、监测、控制、分析及管理,还打造了物联网终端、网络层、平台层、应用层等全方位的安全能力,确保了整个系统的可靠、可用、可控和保密。 在整体解决方案中,智慧工地提供了政府监管级、建筑企业级和施工现场级三类解决方案。政府监管级解决方案以一体化监管平台为核心,通过GIS地图展示辖区内工程项目、人员、设备信息,实现了施工现场安全状况和参建各方行为的实时监控和事前预防。建筑企业级解决方案则通过综合管理平台,提供项目管理、进度管控、劳务实名制等一站式服务,帮助企业实现工程管理的标准化和精益化。施工现场级解决方案则以可视化平台为基础,集成多个业务应用子系统,借助物联网应用终端,实现了施工信息化、管理智能化、监测自动化和决策可视化。这些解决方案的应用,不仅提高了施工效率和工程质量,还降低了安全风险,为建筑行业的可持续发展提供了有力支持。 值得一提的是,智慧工地的应用系统还围绕着工地“人、机、材、环”四个重要因素,提供了各类信息化应用系统。这些系统通过配置同步用户的组织结构、智能权限,结合各类子系统应用,实现了信息的有效触达、问题的及时跟进和工地的有序管理。此外,智慧工地还结合了虚拟现实(VR)和建筑信息模型(BIM)等先进技术,为施工人员提供了更为直观、生动的培训和管理工具。这些创新技术的应用,不仅提升了施工人员的技能水平和安全意识,还为建筑行业的数字化转型和智能化升级注入了新的活力。总的来说,智慧工地解决方案以其创新性、实用性和高效性,正在逐步改变建筑施工行业的传统管理模式,引领着建筑行业向更加智能化、高效化和可持续化的方向发展。

最新推荐

recommend-type

mmw Demo Data Structure_8_16.pdf

- 数据包结构:每个数据包由一个头部和所有启用的数据字段组成,可以通过CLI接口配置。 - 数据包发送:每个雷达帧只发送一个数据包,且长度为32字节的倍数。 2. mmW Demo 数据结构 - 统计信息:包括范围信息、...
recommend-type

详解Java中的File文件类以及FileDescriptor文件描述类

在Java编程语言中,`File`类是处理文件和目录的核心工具,提供了丰富的API用于创建、删除、重命名以及查询文件和目录等操作。`File`类直接继承自`Object`,并实现了`Serializable`和`Comparable`接口,使得File对象...
recommend-type

Eclipse配置使用web.xml的方法

这个文件包含了默认的Servlet和Filter配置,你可以根据需求进行修改。 **方法二:后期添加配置** 2. 如果在创建项目时忘记勾选上述选项,也可以在项目创建后进行补救。右键点击项目,然后选择"Java EE Tools" -> ...
recommend-type

白色卡通风格响应式游戏应用商店企业网站模板.zip

白色卡通风格响应式游戏应用商店企业网站模板.zip
recommend-type

48页-智慧工地监管平台解决方案.pdf

智慧工地,作为现代建筑施工管理的创新模式,以“智慧工地云平台”为核心,整合施工现场的“人机料法环”关键要素,实现了业务系统的协同共享,为施工企业提供了标准化、精益化的工程管理方案,同时也为政府监管提供了数据分析及决策支持。这一解决方案依托云网一体化产品及物联网资源,通过集成公司业务优势,面向政府监管部门和建筑施工企业,自主研发并整合加载了多种工地行业应用。这些应用不仅全面连接了施工现场的人员、机械、车辆和物料,实现了数据的智能采集、定位、监测、控制、分析及管理,还打造了物联网终端、网络层、平台层、应用层等全方位的安全能力,确保了整个系统的可靠、可用、可控和保密。 在整体解决方案中,智慧工地提供了政府监管级、建筑企业级和施工现场级三类解决方案。政府监管级解决方案以一体化监管平台为核心,通过GIS地图展示辖区内工程项目、人员、设备信息,实现了施工现场安全状况和参建各方行为的实时监控和事前预防。建筑企业级解决方案则通过综合管理平台,提供项目管理、进度管控、劳务实名制等一站式服务,帮助企业实现工程管理的标准化和精益化。施工现场级解决方案则以可视化平台为基础,集成多个业务应用子系统,借助物联网应用终端,实现了施工信息化、管理智能化、监测自动化和决策可视化。这些解决方案的应用,不仅提高了施工效率和工程质量,还降低了安全风险,为建筑行业的可持续发展提供了有力支持。 值得一提的是,智慧工地的应用系统还围绕着工地“人、机、材、环”四个重要因素,提供了各类信息化应用系统。这些系统通过配置同步用户的组织结构、智能权限,结合各类子系统应用,实现了信息的有效触达、问题的及时跟进和工地的有序管理。此外,智慧工地还结合了虚拟现实(VR)和建筑信息模型(BIM)等先进技术,为施工人员提供了更为直观、生动的培训和管理工具。这些创新技术的应用,不仅提升了施工人员的技能水平和安全意识,还为建筑行业的数字化转型和智能化升级注入了新的活力。总的来说,智慧工地解决方案以其创新性、实用性和高效性,正在逐步改变建筑施工行业的传统管理模式,引领着建筑行业向更加智能化、高效化和可持续化的方向发展。
recommend-type

掌握HTML/CSS/JS和Node.js的Web应用开发实践

资源摘要信息:"本资源摘要信息旨在详细介绍和解释提供的文件中提及的关键知识点,特别是与Web应用程序开发相关的技术和概念。" 知识点一:两层Web应用程序架构 两层Web应用程序架构通常指的是客户端-服务器架构中的一个简化版本,其中用户界面(UI)和应用程序逻辑位于客户端,而数据存储和业务逻辑位于服务器端。在这种架构中,客户端(通常是一个Web浏览器)通过HTTP请求与服务器端进行通信。服务器端处理请求并返回数据或响应,而客户端负责展示这些信息给用户。 知识点二:HTML/CSS/JavaScript技术栈 在Web开发中,HTML、CSS和JavaScript是构建前端用户界面的核心技术。HTML(超文本标记语言)用于定义网页的结构和内容,CSS(层叠样式表)负责网页的样式和布局,而JavaScript用于实现网页的动态功能和交互性。 知识点三:Node.js技术 Node.js是一个基于Chrome V8引擎的JavaScript运行时环境,它允许开发者使用JavaScript来编写服务器端代码。Node.js是非阻塞的、事件驱动的I/O模型,适合构建高性能和高并发的网络应用。它广泛用于Web应用的后端开发,尤其适合于I/O密集型应用,如在线聊天应用、实时推送服务等。 知识点四:原型开发 原型开发是一种设计方法,用于快速构建一个可交互的模型或样本来展示和测试产品的主要功能。在软件开发中,原型通常用于评估概念的可行性、收集用户反馈,并用作后续迭代的基础。原型开发可以帮助团队和客户理解产品将如何运作,并尽早发现问题。 知识点五:设计探索 设计探索是指在产品设计过程中,通过创新思维和技术手段来探索各种可能性。在Web应用程序开发中,这可能意味着考虑用户界面设计、用户体验(UX)和用户交互(UI)的创新方法。设计探索的目的是创造一个既实用又吸引人的应用程序,可以提供独特的价值和良好的用户体验。 知识点六:评估可用性和有效性 评估可用性和有效性是指在开发过程中,对应用程序的可用性(用户能否容易地完成任务)和有效性(应用程序是否达到了预定目标)进行检查和测试。这通常涉及用户测试、反馈收集和性能评估,以确保最终产品能够满足用户的需求,并在技术上实现预期的功能。 知识点七:HTML/CSS/JavaScript和Node.js的特定部分使用 在Web应用程序开发中,开发者需要熟练掌握HTML、CSS和JavaScript的基础知识,并了解如何将它们与Node.js结合使用。例如,了解如何使用JavaScript的AJAX技术与服务器端进行异步通信,或者如何利用Node.js的Express框架来创建RESTful API等。 知识点八:应用领域的广泛性 本文件提到的“基准要求”中提到,通过两层Web应用程序可以实现多种应用领域,如游戏、物联网(IoT)、组织工具、商务、媒体等。这说明了Web技术的普适性和灵活性,它们可以被应用于构建各种各样的应用程序,满足不同的业务需求和用户场景。 知识点九:创造性界限 在开发Web应用程序时,鼓励开发者和他们的合作伙伴探索创造性界限。这意味着在确保项目目标和功能要求得以满足的同时,也要勇于尝试新的设计思路、技术方案和用户体验方法,从而创造出新颖且技术上有效的解决方案。 知识点十:参考资料和文件结构 文件名称列表中的“a2-shortstack-master”暗示了这是一个与作业2相关的项目文件夹或代码库。通常,在这样的文件夹结构中,可以找到HTML文件、样式表(CSS文件)、JavaScript脚本以及可能包含Node.js应用的服务器端代码。开发者可以使用这些文件来了解项目结构、代码逻辑和如何将各种技术整合在一起以创建一个完整的工作应用程序。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

计算机体系结构概述:基础概念与发展趋势

![计算机体系结构概述:基础概念与发展趋势](https://img-blog.csdnimg.cn/6ed523f010d14cbba57c19025a1d45f9.png) # 摘要 计算机体系结构作为计算机科学的核心领域,经历了从经典模型到现代新发展的演进过程。本文从基本概念出发,详细介绍了冯·诺依曼体系结构、哈佛体系结构以及RISC和CISC体系结构的设计原则和特点。随后,文章探讨了现代计算机体系结构的新发展,包括并行计算体系结构、存储体系结构演进和互连网络的发展。文中还深入分析了前沿技术如量子计算机原理、脑启发式计算以及边缘计算和物联网的结合。最后,文章对计算机体系结构未来的发展趋
recommend-type

int a[][3]={{1,2},{4}}输出这个数组

`int a[][3]={{1,2},{4}}` 定义了一个二维数组,它有两行三列,但是只填充了前两行的数据。第一行是 {1, 2},第二行是 {4}。 当你尝试输出这个数组时,需要注意的是,由于分配的空间是固定的,所以对于只填充了两行的情况,第三列是未初始化的,通常会被默认为0。因此,常规的打印方式会输出类似这样的结果: ``` a[0][0]: 1 a[0][1]: 2 a[1][0]: 4 a[1][1]: (未初始化,可能是0) ``` 如果需要展示所有元素,即使是未初始化的部分,可能会因为语言的不同而有不同的显示方式。例如,在C++或Java中,你可以遍历整个数组来输出: `
recommend-type

勒玛算法研讨会项目:在线商店模拟与Qt界面实现

资源摘要信息: "lerma:算法研讨会项目" 在本节中,我们将深入了解一个名为“lerma:算法研讨会项目”的模拟在线商店项目。该项目涉及多个C++和Qt框架的知识点,包括图形用户界面(GUI)的构建、用户认证、数据存储以及正则表达式的应用。以下是项目中出现的关键知识点和概念。 标题解析: - lerma: 看似是一个项目或产品的名称,作为算法研讨会的一部分,这个名字可能是项目创建者或组织者的名字,用于标识项目本身。 - 算法研讨会项目: 指示本项目是一个在算法研究会议或研讨会上呈现的项目,可能是为了教学、展示或研究目的。 描述解析: - 模拟在线商店项目: 项目旨在创建一个在线商店的模拟环境,这涉及到商品展示、购物车、订单处理等常见在线购物功能的模拟实现。 - Qt安装: 项目使用Qt框架进行开发,Qt是一个跨平台的应用程序和用户界面框架,所以第一步是安装和设置Qt开发环境。 - 阶段1: 描述了项目开发的第一阶段,包括使用Qt创建GUI组件和实现用户登录、注册功能。 - 图形组件简介: 对GUI组件的基本介绍,包括QMainWindow、QStackedWidget等。 - QStackedWidget: 用于在多个页面或视图之间切换的组件,类似于标签页。 - QLineEdit: 提供单行文本输入的控件。 - QPushButton: 按钮控件,用于用户交互。 - 创建主要组件以及登录和注册视图: 涉及如何构建GUI中的主要元素和用户交互界面。 - QVBoxLayout和QHBoxLayout: 分别表示垂直和水平布局,用于组织和排列控件。 - QLabel: 显示静态文本或图片的控件。 - QMessageBox: 显示消息框的控件,用于错误提示、警告或其他提示信息。 - 创建User类并将User类型向量添加到MainWindow: 描述了如何在项目中创建用户类,并在主窗口中实例化用户对象集合。 - 登录和注册功能: 功能实现,包括验证电子邮件、用户名和密码。 - 正则表达式的实现: 使用QRegularExpression类来验证输入字段的格式。 - 第二阶段: 描述了项目开发的第二阶段,涉及数据的读写以及用户数据的唯一性验证。 - 从JSON格式文件读取和写入用户: 描述了如何使用Qt解析和生成JSON数据,JSON是一种轻量级的数据交换格式,易于人阅读和编写,同时也易于机器解析和生成。 - 用户名和电子邮件必须唯一: 在数据库设计时,确保用户名和电子邮件字段的唯一性是常见的数据完整性要求。 - 在允许用户登录或注册之前,用户必须选择代表数据库的文件: 用户在进行登录或注册之前需要指定一个包含用户数据的文件,这可能是项目的一种安全或数据持久化机制。 标签解析: - C++: 标签说明项目使用的编程语言是C++。C++是一种高级编程语言,广泛应用于软件开发领域,特别是在性能要求较高的系统中。 压缩包子文件的文件名称列表: - lerma-main: 这可能是包含项目主要功能或入口点的源代码文件或模块的名称。通常,这样的文件包含应用程序的主要逻辑和界面。 通过这些信息,可以了解到该项目是一个采用Qt框架和C++语言开发的模拟在线商店应用程序,它不仅涉及基础的GUI设计,还包括用户认证、数据存储、数据验证等后端逻辑。这个项目不仅为开发者提供了一个实践Qt和C++的机会,同时也为理解在线商店运行机制提供了一个良好的模拟环境。