python代码请结合问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,请叙述建模过程。然后使用构建的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。 问题3. 请利用文件“Molecular_Descriptor.xlsx”提供的729个分子描述符,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,并简要叙述建模过程。然后使用所构建的2个分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。
时间: 2024-03-29 21:38:55 浏览: 157
如何使用Python构建预测模型
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对于问题1,选择不超过20个分子描述符变量,构建化合物对ERα生物活性的定量预测模型,建模过程如下:
1. 数据预处理:将数据集划分为训练集和测试集,对数据进行标准化处理,消除量纲的影响。
2. 特征选择:根据领域知识和统计分析方法,选择不超过20个分子描述符变量作为模型特征,例如:LogP、SMR、TPSA、NumRotatableBonds等。
3. 模型选择:选择适合数据集的回归模型,例如:多元线性回归模型、支持向量回归模型等。
4. 模型训练:使用训练集训练模型并进行模型参数调优,如正则化参数、核函数类型、损失函数等。
5. 模型评价:使用测试集评估模型性能,如均方误差(MSE)、均方根误差(RMSE)、R平方值(R2)等指标。
6. 模型应用:使用构建好的预测模型,对文件“ERα_activity.xlsx”的test表中的50个化合物进行IC50值和对应的pIC50值预测,并将结果分别填入“ERα_activity.xlsx”的test表中的IC50_nM列及对应的pIC50列。
对于问题3,针对文件“ADMET.xlsx”中提供的1974个化合物的ADMET数据,从五个指标(Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN)中任选2个,分别构建其分类预测模型,建模过程如下:
1. 数据预处理:将数据集划分为训练集和测试集,对数据进行标准化处理,消除量纲的影响。
2. 特征选择:根据领域知识和统计分析方法,选择与分类指标相关的分子描述符变量作为模型特征。
3. 模型选择:选择适合数据集的分类模型,例如:逻辑回归模型、决策树模型等。
4. 模型训练:使用训练集训练模型并进行模型参数调优,如正则化参数、划分准则、决策树深度等。
5. 模型评价:使用测试集评估模型性能,如准确率、召回率、F1值等指标。
6. 模型应用:使用构建好的分类预测模型,对文件“ADMET.xlsx”的test表中的50个化合物进行相应的预测,并将结果填入“ADMET.xlsx”的test表中对应的Caco-2、CYP3A4、hERG、HOB、MN列。
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