ecg_data, _ = wfdb.rdsamp(os.path.join(data_dir, patient_id)) for signal in ecg_data.T:代码解读
时间: 2024-05-21 13:13:24 浏览: 11
这段代码是用来读取某个病人的心电图数据,并且通过 wfdb 库中的 rdsamp 函数来实现读取。然后将读取到的数据分别赋值给 ecg_data 和 signal 两个变量。其中 os.path.join(data_dir, patient_id) 是拼接路径的函数,将 data_dir 和 patient_id 拼接在一起形成一个完整路径。最后,代码中的 .T 是用来对数据进行转置操作,目的是将数据从时间序列形式转化为一列列的信号。
相关问题
ecg_data, _ = wfdb.rdsamp(os.path.join(self.data_dir, patient_id))解读
这段代码涉及到使用 wfdb 库读取本地文件中的 ECG 数据,并将其存储在变量 ecg_data 中。具体来说,该代码通过 os.path.join() 函数连接了 self.data_dir 和 patient_id,并将其作为参数传递给 wfdb.rdsamp() 函数以读取相应文件中的数据。读取完成后,该函数会将数据存储在变量 ecg_data 中。
import freq as freq from matplotlib import pyplot as plt import os from scipy.io import loadmat from scipy import signal import pywt from sklearn.model_selection import train_test_split from sklearn import metrics import numpy as np import pywt import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt # 导入数据 文件路径 dir_str = r"D:\python\matlab\da" # 此处填文件的路径 file_name = os.listdir(dir_str) file_dir = [os.path.join(dir_str, x) for x in file_name] data_test = [] label_test = [] data_final = {} #label_final = [np.zeros((51, 1))] label_final = np.zeros(1) data_final2 = np.zeros([1, 45000]) ecg_signal = np.zeros([1, 90000]) filtered_ecg_signal = np.zeros([1, 90000]) # 从文件导入数据和标签 for file_origin in file_dir: data = loadmat(file_origin, mat_dtype=True) label_test.append(data['label']) data_test.append(data['ecg']) ecg_signal = data_test[0][0] plt.plot(ecg_signal) plt.show() wp = pywt.WaveletPacket(ecg_signal, 'db4', mode='symmetric', maxlevel=6) coeffs = [] for node in wp.get_level(5, 'approx'): coeffs.append(node.data) mean_coeffs = np.mean(coeffs) std_coeffs = np.std(coeffs) start_pos = np.where(coeffs < mean_coeffs - 0.5 * std_coeffs)[0][-1] end_pos = np.where(coeffs < mean_coeffs - 0.15 * std_coeffs)[0][-1] plt.figure(figsize=(10, 6)) plt.plot(ecg_signal) plt.axvspan(start_pos, end_pos, alpha=0.5, color='red') plt.xlabel('Sample number') plt.ylabel('Amplitude') plt.title('ECG signal with ST segment') plt.show()
好的,根据您提供的代码,我进行了一些修改来修复报错并能够提取所有ST段的问题。修改后的代码如下:
```python
import os
from scipy.io import loadmat
from scipy import signal
import pywt
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
# 导入数据
dir_str = r"D:\python\matlab\da" # 此处填文件的路径
file_name = os.listdir(dir_str)
file_dir = [os.path.join(dir_str, x) for x in file_name]
data_test = []
label_test = []
data_final = {}
label_final = np.zeros((len(file_dir), 51))
data_final2 = np.zeros((len(file_dir), 45000))
ecg_signal = np.zeros((len(file_dir), 90000))
filtered_ecg_signal = np.zeros((len(file_dir), 90000))
# 从文件导入数据和标签
for i, file_origin in enumerate(file_dir):
data = loadmat(file_origin, mat_dtype=True)
label_test.append(data['label'])
data_test.append(data['ecg'])
ecg_signal[i] = data_test[i][0]
# 绘制所有ECG信号的图像
plt.figure(figsize=(10, 6))
for i in range(len(file_dir)):
plt.plot(ecg_signal[i], alpha=0.5)
plt.xlabel('Sample number')
plt.ylabel('Amplitude')
plt.title('ECG signals of all data')
# 提取所有ST段
plt.figure(figsize=(10, 6))
for i in range(len(file_dir)):
wp = pywt.WaveletPacket(ecg_signal[i], 'db4', mode='symmetric', maxlevel=6)
coeffs = []
for node in wp.get_level(5, 'approx'):
coeffs.append(node.data)
mean_coeffs = np.mean(coeffs)
std_coeffs = np.std(coeffs)
start_pos = np.where(coeffs < mean_coeffs - 0.5 * std_coeffs)[0][-1]
end_pos = np.where(coeffs < mean_coeffs - 0.15 * std_coeffs)[0][-1]
plt.plot(ecg_signal[i], alpha=0.5)
plt.axvspan(start_pos, end_pos, alpha=0.5, color='red')
plt.xlabel('Sample number')
plt.ylabel('Amplitude')
plt.title('ECG signals with ST segment')
plt.show()
```
修改内容包括:
1. 将 `label_final` 的初始化改为 `np.zeros((len(file_dir), 51))`,使其能够存储所有数据的标签。
2. 将 `data_final2` 的初始化改为 `np.zeros((len(file_dir), 45000))`,使其能够存储所有数据的ECG信号。
3. 将 `ecg_signal`、`filtered_ecg_signal` 的初始化改为 `np.zeros((len(file_dir), 90000))`,使其能够存储所有数据的ECG信号和滤波后的ECG信号。
4. 在绘制所有ECG信号的图像时,将 `alpha` 参数设置为 `0.5`,使得多个信号之间不会互相遮盖。
5. 在提取所有ST段时,将绘图部分和提取部分分开,并在绘图部分中添加了绘制原始ECG信号和标记ST段的代码。
希望这次修改能够帮到您,如果您还有任何问题,请随时提出。
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