import pandas as pd import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import datasets from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D from sklearn.decomposition import PCA from sklearn.preprocessing import StandardScaler data=pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv') data.head() x=data.iloc[:,1:7] y=data.iloc[:,6] scaler=StandardScaler() scaler.fit(x) x_scaler=scaler.transform(x) print(x_scaler.shape) pca=PCA(n_components=3) x_pca=pca.fit_transform(x_scaler) print(x_pca.shape) #查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例 #可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了 print('explained_variance_:',pca.explained_variance_) print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_) print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_)) #可视化各个主成分贡献的方差 #fig1=plt.figure(figsize=(10,10)) #plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值 plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果 plt.figure() plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2) plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1 plt.title('PCA_plot_HN') plt.xlabel('components_n',fontsize=16) plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16) plt.show() plt.pause(0.5) plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png')保存的图像中,一片空白,如何修改
时间: 2024-03-21 18:39:24 浏览: 180
可能是因为您在 `plt.savefig()` 函数之前调用了 `plt.show()` 函数,导致图片被清空。您可以将 `plt.savefig()` 函数放在 `plt.show()` 函数之前,或者注释掉 `plt.show()` 函数,只保存图片而不显示图片,如下所示:
```python
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn import datasets
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
data = pd.read_csv('H:/analysis_results/mean_HN.csv')
data.head()
x = data.iloc[:,1:7]
y = data.iloc[:,6]
scaler = StandardScaler()
scaler.fit(x)
x_scaler = scaler.transform(x)
print(x_scaler.shape)
pca = PCA(n_components=3)
x_pca = pca.fit_transform(x_scaler)
print(x_pca.shape)
# 查看各个主成分对应的方差大小和占全部方差的比例
# 可以看到前2个主成分已经解释了样本分布的90%的差异了
print('explained_variance_:',pca.explained_variance_)
print('explained_variance_ratio_:',pca.explained_variance_ratio_)
print('total explained variance ratio of first 6 principal components:',sum(pca.explained_variance_ratio_))
# 可视化各个主成分贡献的方差
# fig1=plt.figure(figsize=(10,10))
# plt.rcParams['figure.dpi'] = 300#设置像素参数值
# plt.rcParams['path.simplify'] = False#禁用抗锯齿效果
plt.figure()
plt.plot(np.arange(1,4),pca.explained_variance_,color='blue', linestyle='-',linewidth=2)
plt.xticks(np.arange(1, 4, 1))#修改X轴间隔为1
plt.title('PCA_plot_HN')
plt.xlabel('components_n',fontsize=16)
plt.ylabel('explained_variance_',fontsize=16)
# plt.show()
plt.pause(0.5)
plt.savefig('H:/analysis_results/Cluster analysis/pca_explained_variance_HN.png')
```
上述代码会在指定路径下生成一个名为 `pca_explained_variance_HN.png` 的图片文件,其中包含绘制的主成分方差贡献图。
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