合并TCGA的基因矩阵和临床数据矩阵，请详细写出R语言代码

首先，需要加载一些必要的R包，如下所示：

library(tidyverse)
library(readxl)
library(data.table)

接下来，我们需要读入TCGA的基因矩阵和临床数据矩阵。假设基因矩阵文件名为"gene_expression.csv"，临床数据矩阵文件名为"clinical_data.xlsx"，读入代码如下：

gene_expression <- fread("gene_expression.csv", header = TRUE, sep = ",")
clinical_data <- read_excel("clinical_data.xlsx")

然后，我们需要按照样本ID（即TCGA中的样本编号）将这两个矩阵合并。需要注意的是，样本ID在两个矩阵中的列名可能不同，需要先统一列名。代码如下：

# 统一列名
colnames(gene_expression) <- gsub("-", ".", colnames(gene_expression))
colnames(clinical_data) <- gsub("-", ".", colnames(clinical_data))

# 合并矩阵
merged_data <- merge(gene_expression, clinical_data, by = "sampleID", all.x = TRUE)

其中，gsub函数用于将列名中的"-"替换为"."，因为在临床数据矩阵中，列名中使用的是"."而不是"-"。

最后，我们可以将合并后的矩阵保存到本地文件中，以备后续分析使用。代码如下：

write_csv(merged_data, "merged_data.csv")

完整的R代码如下：

library(tidyverse)
library(readxl)
library(data.table)

gene_expression <- fread("gene_expression.csv", header = TRUE, sep = ",")
clinical_data <- read_excel("clinical_data.xlsx")

# 统一列名
colnames(gene_expression) <- gsub("-", ".", colnames(gene_expression))
colnames(clinical_data) <- gsub("-", ".", colnames(clinical_data))

# 合并矩阵
merged_data <- merge(gene_expression, clinical_data, by = "sampleID", all.x = TRUE)

write_csv(merged_data, "merged_data.csv")