①LiTS2017数据集的路径为E:\LiTS2017。保存路径为E:\2D-LiTS2017,帮我创建保存图像与标签的文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。 ②LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 ③请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片,对数据集进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等,以扩充数据集,提高模型的泛化能力。

时间: 2024-02-20 14:58:43 浏览: 19
好的,根据您的要求,我会帮您完成以下任务: 1. 创建保存图像与标签的文件夹,并将转换好的数据保存到对应的文件夹。 ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image from skimage import morphology, measure from scipy import ndimage import random data_folder = 'E:/LiTS2017' save_folder = 'E:/2D-LiTS2017' if not os.path.exists(save_folder): os.makedirs(save_folder) # load data and labels data_files = os.listdir(os.path.join(data_folder, 'Training Batch 1')) label_files = os.listdir(os.path.join(data_folder, 'Training Batch 2')) for i in range(len(data_files)): # load data data_path = os.path.join(data_folder, 'Training Batch 1', data_files[i]) data = nib.load(data_path).get_fdata() # load label label_path = os.path.join(data_folder, 'Training Batch 2', label_files[i]) label = nib.load(label_path).get_fdata() # convert 3D images to 2D and save as RGB images for j in range(data.shape[2]): # skip slices with no liver if np.sum(label[:, :, j]) == 0: continue # skip slices with liver area less than 2% liver_area = np.sum(label[:, :, j] > 0) if liver_area < 0.02 * data.shape[0] * data.shape[1]: continue # crop liver area liver_mask = label[:, :, j] > 0 liver_mask = morphology.binary_closing(liver_mask, morphology.disk(5)) liver_mask = ndimage.binary_fill_holes(liver_mask) liver_props = measure.regionprops(liver_mask.astype(int))[0] min_row, min_col, max_row, max_col = liver_props.bbox data_slice = data[min_row:max_row, min_col:max_col, j] label_slice = label[min_row:max_row, min_col:max_col, j] # save as PNG data_png = Image.fromarray((data_slice * 255 / np.max(data_slice)).astype(np.uint8)) data_png = data_png.convert('RGB') label_png = Image.fromarray((label_slice * 255 / np.max(label_slice)).astype(np.uint8)) label_png = label_png.convert('L') data_png.save(os.path.join(save_folder, 'data', f'{i+1:03d}_{j:03d}.png')) label_png.save(os.path.join(save_folder, 'label', f'{i+1:03d}_{j:03d}.png')) ``` 2. 将LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D单通道的png格式标签。并将其裁剪为单个肝脏区域。同时,移除标签中无肝脏的图片以及肝脏在图片中面积占比小于2%的切片,对数据集进行增强操作,如旋转、翻转、缩放等,以扩充数据集,提高模型的泛化能力。

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