python怎么实现化合物库分子的子结构频次统计

要实现化合物库分子的子结构频次统计，可以使用RDKit Python库。下面是一些参考代码：

1. 加载化合物库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

# 从文件中读取化合物库
suppl = Chem.SDMolSupplier('compound.sdf')
mols = [x for x in suppl if x is not None]
print('共读取到{}个分子'.format(len(mols)))

2. 提取分子中的子结构

# 提取分子中的环
def extract_rings(mol):
    rings = Chem.GetSymmSSSR(mol)
    return [Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=r) for r in rings]

# 提取分子中的官能团
def extract_functional_groups(mol):
    fgs = ['[{}]'.format(Chem.MolToSmiles(mol, rootedAtAtom=a, includeAtomNumbers=True)) for a in mol.GetAtoms() if a.GetAtomicNum() != 6]
    return fgs

# 提取分子中的子结构
def extract_substructures(mol):
    rings = extract_rings(mol)
    fgs = extract_functional_groups(mol)
    return rings + fgs

# 提取化合物库中所有分子的子结构
substructures = []
for mol in mols:
    substructures += extract_substructures(mol)
substructures = list(set(substructures))
print('共提取到{}个子结构'.format(len(substructures)))

3. 计算每个子结构在化合物库中出现的频次

# 计算每个子结构在化合物库中出现的频次
substructure_count = {}
for substructure in substructures:
    substructure_count[substructure] = 0
for mol in mols:
    for substructure in extract_substructures(mol):
        substructure_count[substructure] += 1
print(substructure_count)

这样就可以得到每个子结构在化合物库中出现的频次了。可以根据需要，进一步对子结构进行聚类、筛选等操作，以便更好地分析化合物库中的结构信息。