R语言SNV预处理代码

以下是R语言中进行SNV预处理的代码示例：

library(SomaticSignatures)
library(data.table)

# 读取数据
data <- fread("input_file.txt")

# 提取突变信息
mutations <- data[, c("Chromosome", "Position", "Ref", "Alt")]

# 计算碱基变异频率
freq <- calculateMutationFrequency(mutations)
# 进行SNV预处理
snv <- preprocessSNV(freq)

# 输出结果
write.table(snv, "output_file.txt", sep="\t", quote=FALSE, row.names=FALSE)