win10中使用AutoDock Vina进行批量对接的批处理程序

在Windows 10中使用AutoDock Vina进行批量对接通常涉及创建一个批处理脚本来自动化整个过程，因为AutoDock Vina是一个命令行工具。以下是编写批处理文件的基本步骤：

1. **了解命令行参数**：首先，你需要熟悉AutoDock Vina的命令行参数，如蛋白质（ligand）和受体的PDB文件路径、搜索区域、网格尺寸等。基本命令结构通常是这样的：

   autodock-vina -l ligand.pdbqt -r receptor.pdbqt -out docked_ligands.dlg -center x y z -size grid_x grid_y grid_z

2. **创建批处理文件 (.bat 或 .cmd)**：打开记事本，保存一个新文件，比如`autodock_vina_batch.bat`，然后输入类似下面的内容，将每一行替换为你的实际参数值：

   @echo off
   set /p protein_path=请输入受体pdbqt文件路径: 
   set /p ligand_path=请输入配体pdbqt文件路径: 
   set /p center_x=请输入中心点X坐标: 
   set /p center_y=请输入中心点Y坐标: 
   set /p center_z=请输入中心点Z坐标: 
   set /p size_x=请输入网格大小X: 
   set /p size_y=请输入网格大小Y: 
   set /p size_z=请输入网格大小Z: 

   autodock-vina.exe -l %ligand_path% -r %protein_path% -out docked_ligands_%ligand_name%.dlg -center %center_x% %center_y% %center_z% -size %size_x% %size_y% %size_z%

这里假设ligand_name是你想给每个输出文件命名的前缀。

3. **运行批处理**：双击这个批处理文件，系统会提示你输入需要的文件路径和其他参数。输入完毕后，它就会按照设定的参数执行AutoDock Vina。