autodock vina批量对接

Autodock Vina 是一款常用的分子对接软件，可以用于计算分子间的相互作用力和能量，从而预测小分子与靶标蛋白的结合方式和亲和力。下面是使用 Autodock Vina 进行批量对接的步骤：

1. 准备数据：需要有待对接的小分子和靶标蛋白的pdb文件，以及Autodock Vina的执行文件和配置文件。

2. 准备目录：在一个新的工作目录下，新建三个文件夹，分别为 ligands、receptor 和 output，将待对接的小分子文件放在 ligands 目录下，将靶标蛋白文件放在 receptor 目录下。

3. 编写配置文件：新建一个名为 config.txt 的文本文件，写入以下内容：

receptor = receptor/your_protein.pdbqt
center_x = 0.00
center_y = 0.00
center_z = 0.00
size_x = 20.00
size_y = 20.00
size_z = 20.00
out = output/your_output_file.pdbqt

其中，your_protein.pdbqt 为靶标蛋白的pdbqt文件名，your_output_file.pdbqt 为输出文件名。

4. 执行批量对接：在命令行窗口中切换到工作目录下，输入以下命令进行批量对接：

for ligand in ligands/*.pdbqt
do
    echo Processing $ligand
    ./vina --config config.txt --ligand $ligand
done

其中，ligands/*.pdbqt 表示对 ligands 目录下的所有小分子文件进行对接。

5. 查看结果：对接完成后，在 output 目录下可以找到生成的 pdbqt 文件，用分子可视化软件打开即可查看对接结果。

需要注意的是，Autodock Vina 对接的结果并不一定是最优解，需要结合实验结果和其他计算方法进行验证和分析。