lammps 用fix保存步数、温度、能量

在LAMMPS中，可以使用fix命令来保存步数、温度和能量。

首先，在输入文件中添加以下命令：

variable dumpfreq equal 1000
variable dumpfile string "dump.out"
fix dump all ave/time ${dumpfreq} 1 ${dumpfreq} v_step v_temp v_pe file ${dumpfile} ave running

这个命令将在每1000个时间步长（可以根据需要更改）保存一次步数、温度和能量到名为“dump.out”的文件中。

然后，在计算的过程中，需要使用以下命令来更新这些变量：

thermo_style custom step temp pe
thermo_modify flush yes
thermo_modify line multi
variable step equal step
variable temp equal temp
variable pe equal pe

这个命令将在每个时间步长时更新步数、温度和能量，并将它们保存在相应的变量中。

最后，在运行LAMMPS时，需要指定输出文件的格式，以便读取保存的数据。在输入文件中添加以下命令：

dump_modify 1 format "%d %.6f %.6f"

这将告诉LAMMPS以整数、浮点数和浮点数的格式输出步数、温度和能量。

完成这些步骤后，运行LAMMPS即可保存步数、温度和能量到指定的输出文件中。

相关问题

lammps中fix的各种用法

LAMMPS是一款分子动力学模拟软件，它具有极高的灵活性，可以通过各种"fix"命令来控制模拟过程。"fix"命令主要用于在模拟的每个时间步长中对原子或集合施加固定的约束或修改。不同的"fix"子命令可以实现不同的功能，比如热力学控制、输出控制、原子位置和速度的修改等。

以下是"fix"命令的一些常见用法：

1. 温度控制：如使用"fix nvt"命令可以实现恒定体积和温度的模拟，"fix npt"命令可以实现恒定压力和温度的模拟。
2. 动力学约束：通过"fix addforce"可以为原子添加恒定的外力；"fix setforce"可以固定原子的速度或设定一个新的速度。
3. 特定区域的控制：比如"fix wall/reflect"命令可以实现对原子在特定边界上的反射效果。
4. 输出和监控：比如"fix ave/spatial"命令可以计算空间分布的平均值，并将结果输出到文件中。
5. 分子动力学算法的细节调整：比如"fix langevin"命令可以加入随机和阻尼力来模拟粘性环境。

"fix"命令的使用方式通常为"fix ID group-ID style N args..."，其中ID是给这个特定fix操作的唯一标识符，group-ID是用来指定该fix命令作用的原子集合，style是具体的操作类型，N代表操作可能需要的额外参数个数，args...是具体的参数。

例如，一个简单的fix命令示例可能如下：

fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 0.1

这条命令的含义是，对于所有的原子，执行恒定体积和温度的模拟，目标温度为300K，温度松弛时间为0.1 ps。

lammps怎么把温度保存到某个文件

在LAMMPS中，你可以使用“thermo_style custom”命令来自定义输出信息。具体来说，你需要在命令中包含一个“file”选项，以指定要将输出写入的文件名。例如：

thermo_style custom step temp etotal pe press vol file my_output.txt

在这个例子中，我们将输出的步数、温度、总能量、势能、压力和体积保存到名为“my_output.txt”的文件中。你可以根据需要自定义输出内容，并将其保存到文件中。