代码报错NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files

这个错误通常是由于使用不兼容的MATLAB版本导致的。MATLAB v7.3引入了一种新的文件格式，即HDF5格式。如果您的MATLAB版本低于v7.3，则可能无法打开此文件格式。为了解决这个问题，您需要升级您的MATLAB版本，或者使用HDF5读取器来读取这些文件。您可以尝试使用h5py等Python库来读取HDF5格式的MATLAB文件。

相关问题

NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files

这个错误通常是因为你使用了不兼容的MATLAB文件版本。MATLAB v7.3引入了一种新的二进制文件格式，用于支持大型数据集和新的数据类型。如果你尝试使用旧版本的MATLAB读取v7.3文件，则会出现上述错误。

要解决这个问题，你可以尝试使用HDF5库来读取v7.3文件。HDF5是一种通用的数据格式，支持各种编程语言，包括Python。你可以使用h5py或PyTables等Python库来读取HDF5文件。

以下是一个示例代码片段，演示如何使用h5py库读取MATLAB v7.3文件：

import h5py

# 打开MATLAB v7.3文件
f = h5py.File('your_file.mat', 'r')

# 读取数据集
dataset = f['your_dataset']

# 将数据集转换为NumPy数组
data = dataset[:]

# 关闭文件
f.close()

请注意，你需要在系统上安装HDF5库和h5py库才能运行此代码。

Traceback (most recent call last): File "D:\python\code\阈值处理20221227\robustness.py", line 7, in <module> data = scipy.io.loadmat('D:/Network-Data-master/01_Jazz.mat') File "D:\python\code\venv\lib\site-packages\scipy\io\matlab\_mio.py", line 226, in loadmat MR, _ = mat_reader_factory(f, **kwargs) File "D:\python\code\venv\lib\site-packages\scipy\io\matlab\_mio.py", line 80, in mat_reader_factory raise NotImplementedError('Please use HDF reader for matlab v7.3 ' NotImplementedError: Please use HDF reader for matlab v7.3 files, e.g. h5py

这个错误说明你正在尝试加载一个 Matlab v7.3 文件，而 Scipy 的 loadmat 函数不支持直接读取这种格式的文件。你可以使用 h5py 库来读取这种文件格式。以下是可能的实现方法：

import h5py
import networkx as nx
import numpy as np

# 加载真实网络的jazz.mat文件
with h5py.File('D:/Network-Data-master/01_Jazz.mat', 'r') as f:
    adjacency_matrix = np.array(f['Problem']['A'])

G = nx.from_numpy_matrix(adjacency_matrix)

# 根据节点度数、介数、局部聚类系数、中介中心度、pangerank大小降序排序，burt约束系数大小升序排序，得到每种方法节点顺序表
degree = dict(G.degree())
degree_seq = [node for node, deg in sorted(degree.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)]
betweenness = nx.betweenness_centrality(G)
betweenness_seq = [node for node, btwn in sorted(betweenness.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)]
clustering = nx.clustering(G)
clustering_seq = [node for node, clust in sorted(clustering.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)]
centrality = nx.eigenvector_centrality(G)
centrality_seq = [node for node, cent in sorted(centrality.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)]
pagerank = nx.pagerank(G)
pagerank_seq = [node for node, pr in sorted(pagerank.items(), key=lambda x: x[1], reverse=True)]
burt = nx.constraint(G)
burt_seq = [node for node, con in sorted(burt.items(), key=lambda x: x[1])]

# 每次累计删除10%节点，计算网络的连通性、网络效率、平均最短路径长度，并加入判断，避免出现网络不连通而报错，记录结果
num_nodes = len(G.nodes())
num_steps = 10
results = []
for i in range(num_steps):
    percent_deleted = (i+1) * 0.1
    nodes_to_delete = degree_seq[:int(percent_deleted*num_nodes)]
    G_copy = G.copy()
    G_copy.remove_nodes_from(nodes_to_delete)
    if nx.is_connected(G_copy):
        results.append((percent_deleted, nx.average_shortest_path_length(G_copy), nx.global_efficiency(G_copy)))
    else:
        results.append((percent_deleted, np.nan, np.nan))

# 将节点删除过程和结果绘制成图表，观察网络鲁棒性下降的情况
fig, ax = plt.subplots(1, 3)
fig.set_size_inches(18, 6)

ax[0].set_title('Degree')
ax[0].plot([degree[n] for n in degree_seq])
ax[0].set_xlabel('Node rank')
ax[0].set_ylabel('Degree')

ax[1].set_title('Efficiency and path length')
ax[1].plot([r[0] for r in results], [r[1] for r in results], label='Average shortest path length')
ax[1].plot([r[0] for r in results], [r[2] for r in results], label='Global efficiency')
ax[1].set_xlabel('Percent nodes deleted')
ax[1].set_ylabel('Metric value')
ax[1].legend()

ax[2].set_title('Burt constraint')
ax[2].plot([burt[n] for n in burt_seq])
ax[2].set_xlabel('Node rank')
ax[2].set_ylabel('Burt constraint')

plt.show()

这个代码和之前的代码非常相似，主要区别在于加载和处理 Matlab v7.3 文件的部分。现在使用 h5py 库来读取文件，然后将邻接矩阵转换为 NetworkX 图。