kernel UMAP算法python代码

下面是使用Python实现kernel UMAP算法的示例代码：

import umap
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.datasets import make_moons
from sklearn.metrics.pairwise import pairwise_kernels

# 生成月亮形状数据
X, y = make_moons(n_samples=500, noise=0.1, random_state=42)

# 计算高斯核相似性矩阵
K = pairwise_kernels(X, metric='rbf')

# 使用kernel UMAP进行降维
embedding = umap.UMAP(n_neighbors=10, min_dist=0.1, metric='precomputed', random_state=42).fit_transform(K)

# 可视化降维结果
plt.scatter(embedding[:, 0], embedding[:, 1], c=y, s=5)
plt.show()

在上面的代码中，我们首先使用Scikit-learn库的make_moons函数生成了一个月亮形状的数据集。然后，我们使用Scikit-learn库的pairwise_kernels函数计算了数据点之间的高斯核相似性矩阵。在计算相似性矩阵时，我们使用了rbf（径向基函数）作为核函数，从而计算出数据点之间的相似度。

接下来，我们使用UMAP库的UMAP类对相似性矩阵进行降维。在UMAP类的构造函数中，我们指定了n_neighbors=10表示每个数据点的10个最近邻将被用来构建局部结构，min_dist=0.1表示在低维空间中相邻点之间的最小距离，metric='precomputed'表示使用预先计算的相似性矩阵来计算相似度，random_state=42表示设置随机种子以确保可重复性。

最后，我们使用Matplotlib库将降维结果可视化。在可视化结果中，我们可以看到数据点在低维空间中被聚集成了几个簇，这些簇对应于原始数据中的不同分布模式。