GEOquery下载GSE数据集并存储到新建的指定文件夹

你可以使用R语言中的GEOquery包来下载GSE数据集并存储到新建的指定文件夹。以下是一个示例代码：

# 安装和加载GEOquery包
install.packages("GEOquery")
library(GEOquery)

# 设置下载路径
download_dir <- "/path/to/download/directory/"

# 新建文件夹
dir.create(download_dir)

# 设置GEO数据集ID
gse_id <- "GSEXXXXX"  # 将 XXXXX 替换为实际的GSE ID

# 下载GSE数据集
gse <- getGEO(gse_id, destdir = download_dir)

# 保存GSE数据集的表达矩阵到文件
exprs_data <- exprs(gse[[1]])
exprs_filename <- paste0(gse_id, "_exprs.csv")
write.csv(exprs_data, file.path(download_dir, exprs_filename), row.names = TRUE)

# 保存GSE数据集的样本信息到文件
sample_data <- pData(gse[[1]])
sample_filename <- paste0(gse_id, "_sample.csv")
write.csv(sample_data, file.path(download_dir, sample_filename), row.names = TRUE)

在上面的代码中，`download_dir`变量指定了下载路径，`gse_id`变量指定了要下载的GSE数据集的ID。`getGEO`函数从NCBI下载数据集并将其存储到指定的下载路径中。然后，使用`exprs`和`pData`函数将表达矩阵和样本信息提取出来，并将它们分别保存到以GSE ID命名的CSV文件中。